ഒന്നാം പിണറായി സര്‍ക്കാരില്‍ ഏറെ വിമര്‍ശനങ്ങള്‍ കേള്‍ക്കേണ്ടി വന്ന വകുപ്പായിരുന്നു ആഭ്യന്തരവകുപ്പ്. മുഖ്യമന്ത്രി പിണറായി വിജയന്‍ തന്നെയാണ് ആഭ്യന്തരവകുപ്പ് കൈകാര്യം ചെയ്തത്. കസ്റ്റഡി കൊലപാതകങ്ങളും പൊലീസ് സേനയുടെ വീഴ്ചകളും ഒന്നാം പിണറായി സര്‍ക്കാരിന്റെ തുടക്കകാലത്ത് വലിയ വിവാദങ്ങള്‍ക്ക് കാരണമായിരുന്നു. മുഖ്യമന്ത്രി എന്ന നിലയില്‍ മികച്ച രീതിയില്‍ ഭരണനിര്‍വഹണം നടത്തുമ്പോഴും ആഭ്യന്തരവകുപ്പിന്റെ പ്രകടനം ശരാശരിയില്‍ താഴെയാണെന്ന് പല പ്രമുഖരും വിമര്‍ശനമുന്നയിച്ചിരുന്നു. ആഭ്യന്തര വകുപ്പ് സ്വതന്ത്രമാക്കണമെന്ന് ഈ സമയത്ത് ആവശ്യം ഉയര്‍ന്നിരുന്നു. യുഎപിഎ കേസുകളും ആഭ്യന്തരവകുപ്പിനെ പ്രതിരോധത്തിലാക്കിയിരുന്നു. രണ്ടാം പിണറായി സര്‍ക്കാര്‍ അധികാരത്തിലെത്തുമ്പോള്‍ പിണറായി ആഭ്യന്തരവകുപ്പ് മറ്റാര്‍ക്കെങ്കിലും വിട്ടുനല്‍കുമോ എന്നതാണ് ഇപ്പോള്‍ ഉയര്‍ന്നിരിക്കുന്ന ചോദ്യം. ആഭ്യന്തരം പിണറായി തന്നെ കൈകാര്യം ചെയ്യാനാണ് സാധ്യത. ഈ വകുപ്പ് ആര്‍ക്കെങ്കിലും വിട്ടുകൊടുക്കില്ല.