റോഡ് നികുതി നിശ്ചയിക്കുന്നതിൽ കേന്ദ്രവുമായി നിലനിൽക്കുന്ന തർക്കം കാരണം ഏകീകൃത രജിസ്ട്രേഷൻ സംവിധാനമായ ഭാരത് രജിസ്ട്രേഷൻ കേരളത്തിൽ നടപ്പായില്ല. ഒരു രജിസ്ട്രേഷൻ വഴി രാജ്യത്ത് എവിടെയും വാഹനം ഉപയോഗിക്കാൻ കഴിയുന്ന സംവിധാനമാണ് ഭാരത് രജിസ്ട്രേഷൻ. 10 സംസ്ഥാനങ്ങളിൽ പദ്ധതി നടപ്പിലായെങ്കിലും നികുതി നഷ്ടം ഭയന്ന് സംസ്ഥാനസർക്കാർ പദ്ധതിയെ എതിർക്കുകയാണ്.
റോഡുനികുതി നിശ്ചയിക്കാനുള്ള സംസ്ഥാനങ്ങളുടെ അധികാരത്തിന് മുകളിലുള്ള കടന്നുകയറ്റമാണിതെന്ന് സർക്കാർ ആരോപിക്കുന്നു. 2021 സെപ്റ്റംബർ 15നാണ് സംസ്ഥാനങ്ങളിലെ വ്യത്യസ്ത രജിസ്ട്രേഷന്‍ സംവിധാനവും നികുതിഘടനയും കാരണം വാഹന ഉടമകള്‍ക്കുണ്ടാകുന്ന ബുദ്ധിമുട്ട് ഒഴിവാക്കാനായി കേന്ദ്രം ഭാരത് രജിസ്ട്രേഷൻ ഏർപ്പെടുത്തിയത്. വാഹനവിലയുടെ 21 ശതമാനം നികുതി ഈടാക്കുന്ന കേരളത്തിന് ബിഎച്ച് രജിസ്ട്രേഷൻ വൻ നികുതി നഷ്ടമുണ്ടാക്കുമെന്നാണ് കരുതുന്നത്.