വി.മുരളീധരന് കേരള ബിജെപിയില്‍ ഒറ്റപ്പെടുന്നു. പാര്‍ട്ടിയില്‍ ഗ്രൂപ്പ് വിഭാഗീയത ശക്തമാകാന്‍ കാരണം മുരളീധരന്റെ ഇടപെടലുകളാണെന്ന് വിമര്‍ശനം. തിരഞ്ഞെടുപ്പ് തോല്‍വിയില്‍ കേന്ദ്രമന്ത്രി വി.മുരളീധരന് അടക്കം ഉത്തരവാദിത്തമുണ്ടെന്നാണ് പ്രധാനമന്ത്രി നിയോഗിച്ച സമിതിയുടെ റിപ്പോര്‍ട്ട്. കെ.സുരേന്ദ്രന്‍ അടക്കമുള്ള സംസ്ഥാന നേതൃത്വം മുഴുവന്‍ മാറണമെന്ന് ഈ റിപ്പോര്‍ട്ടില്‍ പറയുന്നു. വി.മുരളീധരന്-കെ.സുരേന്ദ്രന്‍ സഖ്യത്തിന്റെ അടക്കിഭരണമാണ് കേരള ബിജെപിയില്‍ നടക്കുന്നതെന്ന് പാര്‍ട്ടിക്കുള്ളില്‍ തന്നെ വിമര്‍ശനമുയര്‍ന്നിട്ടുണ്ട്. സുരേന്ദ്രനെ മുന്നില്‍ നിര്‍ത്തി എല്ലാ നീക്കങ്ങളും നടത്തുന്നത് മുരളീധരന് ആണെന്നാണ് വിമര്‍ശനം. സംസ്ഥാന നേതൃത്വത്തില്‍ അഴിച്ചുപണി വേണമെന്ന് കേരളത്തില്‍ നിന്നുള്ള പ്രധാന നേതാക്കള്‍ കേന്ദ്ര നേതൃത്വത്തെയും അറിയിച്ചിട്ടുണ്ട്.
വി.മുരളീധരനോട് കേന്ദ്രനേതൃത്വത്തിനും അതൃപ്തിയുണ്ട്. നിലവില്‍ കേന്ദ്ര സഹമന്ത്രിയാണ് മുരളീധരന്. മന്ത്രിസഭാ പുനഃസംഘടനയില്‍ മുരളീധരനെ മാറ്റാനാണ് സാധ്യത. കേരളത്തില്‍ നിന്ന് മറ്റൊരു നേതാവിനെ കേന്ദ്രമന്ത്രിസ്ഥാനത്തേക്ക് കൊണ്ടുവരാനും കേന്ദ്രം ആലോചിക്കുന്നു.