2003 മെയ് രണ്ടിന് ഒമ്പതുപേരുടെ ജീവനെടുത്ത രണ്ടാം മാറാട് കലാപക്കേസിൽ അന്വേഷണം ഏറ്റെടുക്കാൻ തയ്യാറാണെന്ന് സി ബി ഐ കേസ് അന്വേഷിക്കാൻ സമ്മതമാണെന്നറിയിച്ച് സി ബി ഐ ഹൈക്കോടതിയിൽ സത്യവാങ്മൂലം നൽകി. കേസ് സി ബി ഐയെക്കൊണ്ട് അന്വേഷിപ്പിക്കണമെന്ന് ആവശ്യപ്പെട്ട് നൽകിയ ഹർജിയിലാണ് സി ബി ഐ നിലപാട് അറിയിച്ചത്.
രണ്ടാം മാറാട് കലാപവുമായി ബന്ധപ്പെട്ട ആസൂത്രണവും ഗഢാലോചനയുമുള്‍പ്പെടെ കാര്യങ്ങളുടെ അന്വേഷണം സി ബി ഐക്ക് വിടണമെന്ന് ആവശ്യപ്പെട്ട് കോളക്കാടന്‍ മൂസ ഹാജി സമര്‍പ്പിച്ച പൊതുതാല്‍പര്യ ഹരജിയിലാണ് സി.ബി.ഐയുടെ വിശദീകരണം. മാറാട് കേസിൽ സി ബി ഐ അന്വേഷണം വേണമെന്ന് ആവശ്യപ്പെട്ടുകൊണ്ടുള്ള പൊതുൽപ്പര്യ ഹർജി 2009 ഫെബ്രുവരി 10-ന് കേരള ഹൈക്കോടതി തള്ളി. കേസിൽ സി ബി ഐ അന്വേഷണം നടത്തണമെന്ന്‌ ആവശ്യപ്പെട്ട് സംസ്ഥാന സർക്കാർ ആറു തവണ കേന്ദ്ര സർക്കാരിന്‌ കത്തയച്ചിരുന്നു. ഒടുവിൽ ഇതിന് ഫലം കണ്ടിരിക്കുകയാണ്.
പൊലീസ് റജിസ്റ്റർ ചെയ്ത കേസിൽ 2008 ൽ വിചാരണ പൂർത്തിയാക്കി പ്രതികളെ ശിക്ഷിച്ചിരുന്നു. 138 പ്രതികളായിരുന്നു ഉണ്ടായിരുന്നത്. ഇതിൽ 62 പേർക്ക് മാറാട് പ്രത്യേക കോടതി ശിക്ഷ വിധിച്ചിരുന്നു. ഈ മാസം ഒന്നിനാണ് സിബിഐ സത്യവാങ്മൂലം ഹൈക്കോടതിയിൽ സമർപ്പിച്ചത്.