അന്ന് പിണറായിയും വി.എസും ചങ്ക്, പിണറായി പാര്‍ട്ടി സെക്രട്ടറിയായതിനു പിന്നാലെ പൊട്ടലും ചീറ്റലും; രാഷ്ട്രീയ കേരളം കണ്ട ഏറ്റവും വലിയ വിഭാഗീയത തുടങ്ങിയത് ഇങ്ങനെ
കേരളത്തിലെ സിപിഎമ്മിന്റെ ചരിത്രമെടുത്താല്‍ അതില്‍ വി.എസ്.അച്യുതാനന്ദന്‍-പിണറായി വിജയന് പോരിന് വലിയ സ്ഥാനമുണ്ട്. സിപിഎമ്മിനുള്ളില്‍ വിഭാഗീയത കൊടികുത്തി വാഴുന്ന കാലത്താണ് വി.എസ്-പിണറായി തമ്മിലടി രൂക്ഷമായത്. വി.എസ്. പക്ഷമെന്നും പിണറായി പക്ഷമെന്നും രണ്ട് ഗ്രൂപ്പുകള്‍ രൂപംകൊണ്ടു. പിണറായി പക്ഷം ഔദ്യോഗിക പക്ഷമെന്ന് അറിയപ്പെട്ടു. പാര്‍ട്ടിക്ക് മുകളില്‍ വളരാന്‍ വി.എസ്. ശ്രമിക്കുന്നു എന്നായിരുന്നു അക്കാലത്ത് ഔദ്യോഗിക പക്ഷത്തിന്റെ ആരോപണം.
വി.എസിന്റെ വലംകൈയായിരുന്നു തൊണ്ണൂറുകളില്‍ പിണറായി വിജയന്. വി.എസും പിണറായി വിജയനും ഒരുകൂട്ടം യുവ നേതാക്കളും അടങ്ങുന്ന ഒരു ഗ്രൂപ്പ് ഉണ്ടായിരുന്നു. ഇതില്‍ വി.എസിന്റെ ഏറ്റവും വിശ്വസ്തന്‍ പിണറായി വിജയന് തന്നെയായിരുന്നു. മറുവശത്ത് ഇ.എം.എസ്.നമ്പൂതിരിപ്പാടും ഇ.കെ.നായനാരും അടങ്ങുന്ന മുതിര്‍ന്ന നേതാക്കളുടെ മറ്റൊരു ഗ്രൂപ്പും. തലമുറ മാറ്റം വേണമെന്ന ശക്തമായ വാദമാണ് വി.എസ്. അക്കാലത്ത് മുന്നോട്ടുവച്ചത്. ഇ.എം.എസിനെയും ഇ.കെ.നായനാരെയും വെട്ടി പാര്‍ട്ടി പിടിക്കുകയായിരുന്നു അക്ഷരാര്‍ഥത്തില്‍ വി.എസ്. ചെയ്തത്. 1998 സെപ്റ്റംബറില്‍ ചടയന്‍ ഗോവിന്ദന്‍ അന്തരിച്ചപ്പോള്‍ പാര്‍ട്ടി സംസ്ഥാന സെക്രട്ടറിയായി പിണറായി വിജയനെ നിര്‍ദേശിച്ചത് വി.എസ്.അച്യുതാനന്ദനാണ്. ഒടുവില്‍ പിണറായി പാര്‍ട്ടി സെക്രട്ടറിയായി. പാര്‍ട്ടിയിലെ സീനിയോറിറ്റി പോലും കണക്കിലെടുക്കാതെയാണ് വി.എസ്. അക്കാലത്ത് പിണറായി വിജയന് അകമഴിഞ്ഞ പിന്തുണ നല്‍കിയത്.
പിണറായി വിജയന് പാര്‍ട്ടി സെക്രട്ടറിയായതിനു പിന്നാലെയാണ് കാര്യങ്ങള്‍ കൈവിട്ടുപോയത്. പാര്‍ട്ടി സെക്രട്ടറി പിണറായി ആണെങ്കിലും ഭരണം മുഴുവന്‍ വി.എസിന്റെ കൈയിലായിരുന്നു. പല സംസ്ഥാന കമ്മിറ്റികളിലും ഏകപക്ഷീയമായി വി.എസ്. കാര്യങ്ങള്‍ തീരുമാനിച്ചു. വി.എസിന്റെ വാക്കിനപ്പുറം പാര്‍ട്ടിയില്‍ ഒന്നുമില്ലെന്ന അവസ്ഥ വന്നു. ഇതിനെതിരെ പാര്‍ട്ടി സെക്രട്ടറി പിണറായി പ്രതികരിക്കാന്‍ തുടങ്ങി. ഗുരുവും ശിഷ്യനുമായിരുന്ന വി.എസിനും പിണറായിക്കും ഇടയില്‍ വലിയ അകല്‍ച്ചയുണ്ടായി. പാര്‍ട്ടിക്ക് അപ്പുറം ആരുമില്ലെന്ന കര്‍ക്കശ നിലപാടുകാരനായിരുന്നു പിണറായി വിജയന്.
ആദ്യ കാലത്തെല്ലാം വി.എസിന് തന്നെയായിരുന്നു കൂടുതല്‍ പിന്തുണ. പാര്‍ട്ടി നിലപാടിന് വിരുദ്ധമായും വി.എസ്. നിലപാടുകള്‍ സ്വീകരിക്കാന്‍ തുടങ്ങി. ജനങ്ങള്‍ക്കിടയില്‍ വി.എസിന് വലിയ പ്രതിച്ഛായ ഉണ്ടാകാന്‍ ഇത് കാരണമായി. പില്‍ക്കാലത്ത് ജനകീയ നേതാവ് എന്ന നിലയില്‍ വി.എസ്. കളം നിറഞ്ഞപ്പോള്‍ പാര്‍ട്ടിക്കുള്ളിലെ സ്വാധീനം കുറഞ്ഞുവന്നു. പാര്‍ട്ടിയില്‍ പിണറായി വിജയന് കൂടുതല്‍ ശക്തനാകാന്‍ തുടങ്ങി. ഇതോടെ പിണറായി-വിഎസ് ഭിന്നത കൂടുതല്‍ പരസ്യമായി.
ലാവലിന്‍ കേസ് ആയുധമാക്കി വി.എസ്. പിണറായിക്കെതിരെ രംഗത്തെത്തി. എന്നാല്‍, അരയും തലയും മുറുക്കി പാര്‍ട്ടി പിണറായിയെ പ്രതിരോധിച്ചു. പാര്‍ട്ടി സമ്മേളനങ്ങളില്‍ വി.എസും പിണറായി വിജയനും ശക്തമായി ഏറ്റുമുട്ടി. കടുത്ത ഭിന്നതകള്‍ക്കൊടുവില്‍ 2007 മേയ് 26ന് വിഎസിനെ പോളിറ്റ് ബ്യൂറോയില്‍ നിന്ന് താല്‍ക്കാലികമായി പുറത്താക്കി. പിന്നീട് വിഎസിനെ കേന്ദ്രകമ്മിറ്റിയിലേക്ക് തരംതാഴ്ത്തി. പോളിറ്റ്ബ്യൂറോ അംഗമായിരുന്ന പിണറായിക്കെതിരെയും നടപടി ഉണ്ടായിരുന്നെങ്കിലും അദ്ദേഹത്തെ പിന്നീട് പിബിയിലേക്ക് തിരിച്ചെടുത്തു. തരംതാഴ്ത്തലിന് പുറമെ പാര്‍ട്ടിയുടെ പരസ്യശാസനയ്ക്കും വിഎസ് വിധേയനാകേണ്ടി വന്നിട്ടുണ്ട്. 2008 ലെ കോട്ടയം സമ്മേളനത്തോടെ പാര്‍ട്ടി പൂര്‍ണമായും പിണറായിയുടെ വരുതിയിലായി. 2006 മുതല്‍ 2011 വരെ വി.എസ്. മുഖ്യമന്ത്രിയായിരുന്നെങ്കിലും പാര്‍ട്ടി സെക്രട്ടറി പിണറായി വിജയന് തന്നെയായിരുന്നു പാര്‍ട്ടിക്കുള്ളില്‍ കൂടുതല്‍ ആധിപത്യം.
2009 ലെ ലോക്സഭാ തിരഞ്ഞെടുപ്പിന് പ്രചാരണത്തിന്റെ ഭാഗമായി പാര്‍ട്ടി സെക്രട്ടറി പിണറായി വിജയന് കേരള യാത്ര നടത്തിയിരുന്നു. കേരളയാത്രയുടെ സമാപന പരിപാടിയില്‍ വി.എസ്. പങ്കെടുക്കുമോ എന്ന് സംശയമായി. പക്ഷേ, എല്ലാവരെയും ഞെട്ടിച്ച് ശംഖുമുഖത്തെ സമാപന വേദിയില്‍ വി.എസ്. എത്തി. എന്നാല്‍, വി.എസിനെതിരെ പിണറായി നടത്തിയ പ്രസംഗവും അതിനു വി.എസ്. നല്‍കിയ മറുപടിയും വന്‍ വിവാദമായി.
2011 മുതല്‍ 2016 വരെ കേരളത്തിന്റെ പ്രതിപക്ഷ നേതാവ് ആയിരുന്നു വി.എസ്. 2016 ല്‍ ഇടതുപക്ഷം അധികാരത്തിലെത്തിയാല്‍ ആര് മുഖ്യമന്ത്രിയാകുമെന്ന ചര്‍ച്ചകള്‍ നടന്നിരുന്നു. പാര്‍ട്ടി സെക്രട്ടറി സ്ഥാനത്തു നിന്ന് പിണറായി പടിയിറങ്ങിയത് അക്കാലത്താണ്. വി.എസിന് വീണ്ടും മുഖ്യമന്ത്രിയാകാന്‍ താല്‍പര്യമുണ്ടായിരുന്നു. എന്നാല്‍, പാര്‍ട്ടിക്കുള്ളില്‍ പിണറായിക്ക് തന്നെയായിരുന്നു പിന്തുണ. വി.എസിന്റെ പ്രായവും തിരിച്ചടിയായി. മുഖ്യമന്ത്രിയായതോടെ സിപിഎമ്മില്‍ ഒരു പക്ഷം മാത്രമായി. വി.എസ്. പക്ഷം പൂര്‍ണമായും ഇല്ലാതാകുന്ന കാഴ്ചയാണ് പിന്നീട് കണ്ടത്. വി.എസ്. പക്ഷത്തുണ്ടായിരുന്ന പ്രമുഖ നേതാക്കള്‍ പോലും പിന്നീട് പിണറായി വിജയനൊപ്പം ഉറച്ചുനില്‍ക്കുന്ന കാഴ്ചയാണ് കേരള രാഷ്ട്രീയം കണ്ടത്.