പ്രശാന്ത് നായര്‍ ഐഎഎസ് മുന്‍പും വിവാദങ്ങളില്‍ ഇടംപിടിച്ചിട്ടുണ്ട്. 2021 ല്‍ മാതൃഭൂമിയിലെ മാധ്യപ്രവര്‍ത്തകയ്ക്ക് അധിക്ഷേപ സന്ദേശം അയച്ചതിന്റെ പേരില്‍ പ്രശാന്ത് ഏറെ വിമര്‍ശനങ്ങള്‍ ഏറ്റുവാങ്ങിയിരുന്നു. കേരള ഷിപ്പിങ് ആന്റ് ഇന്‍ലാന്‍ഡ് നാവിഗേഷന്‍ കോര്‍പറേഷന്‍ എം.ഡി ആയിരുന്നു പ്രശാന്ത് അപ്പോള്‍. ആഴക്കടല്‍ വിവാദവുമായി ബന്ധപ്പെട്ട് പ്രതികരണത്തിനായി സമീപിച്ച മാധ്യമപ്രവര്‍ത്തകയോടാണ് പ്രശാന്ത് വാട്‌സ്ആപ്പില്‍ മോശം രീതിയില്‍ സംസാരിച്ചത്. മാതൃഭൂമിയിലെ മാധ്യമപ്രവര്‍ത്തകയാണ്, ഒരു വാര്‍ത്തയുമായി ബന്ധപ്പെട്ട് ഇപ്പോള്‍ സംസാരിക്കാമോ എന്നാണ് മാധ്യമപ്രവര്‍ത്തക പ്രശാന്തിനു വാട്‌സ്ആപ്പില്‍ സന്ദേശം അയച്ചത്. നടി സീമ പുറംതിരിഞ്ഞു നില്‍ക്കുന്ന അശ്ലീല ചുവയുള്ള സ്റ്റിക്കര്‍ പ്രശാന്ത് തിരിച്ചയക്കുകയായിരുന്നു. മാധ്യമപ്രവര്‍ത്തകെ അധിക്ഷേപിച്ചും പ്രശാന്ത് സംസാരിച്ചിരുന്നു.
2021 ലെ നിയമസഭാ തിരഞ്ഞെടുപ്പിനു തൊട്ടുമുന്‍പാണ് 'ആഴക്കടല്‍ വില്‍പ്പന' വിവാദം ചൂടുപിടിച്ചത്. അന്നത്തെ പ്രതിപക്ഷ നേതാവ് രമേശ് ചെന്നിത്തലയുമായി പ്രശാന്ത് നടത്തിയ രാഷ്ട്രീയ ഗൂഢാലോചനയാണ് ഈ വിവാദമെന്ന് അന്നത്തെ ഫിഷറീസ് വകുപ്പ് മന്ത്രിയായിരുന്ന ജെ.മേഴ്‌സിക്കുട്ടിയമ്മ വിമര്‍ശിച്ചിരുന്നു. ചെന്നിത്തലയുടെ പ്രൈവറ്റ് സെക്രട്ടറിയായി പ്രവര്‍ത്തിച്ചിട്ടുള്ള പ്രശാന്ത് 'ആഴക്കടല്‍ വില്‍പ്പന' വിവാദത്തിന്റെ തിരക്കഥയ്ക്കു പിന്നില്‍ ഉണ്ടെന്ന് അന്ന് ആരോപണം ഉയര്‍ന്നിരുന്നു. ഇപ്പോഴത്തെ വിവാദങ്ങള്‍ക്കു പിന്നാലെ ആ വിമര്‍ശനം ആവര്‍ത്തിക്കുകയാണ് മേഴ്‌സിക്കുട്ടിയമ്മ.
ഐഎഎസ് ഉദ്യോഗസ്ഥന്‍ പുലര്‍ത്തേണ്ട സാമാന്യ മര്യാദയും സര്‍വീസ് ചട്ടങ്ങളും ലംഘിച്ചയാളാണ് പ്രശാന്ത് എന്നും മേഴ്‌സിക്കുട്ടിയമ്മ ആരോപിച്ചു. അഡീഷണല്‍ ചീഫ് സെക്രട്ടറി എ.ജയതിലകിനെതിരെ തുടര്‍ച്ചയായി അധിക്ഷേപ പരാമര്‍ശങ്ങളാണ് പ്രശാന്ത് ഇപ്പോള്‍ നടത്തുന്നത്. ജൂനിയര്‍ ഉദ്യോഗസ്ഥരുടെ കരിയറും ജീവിതവും ജയതിലക് നശിപ്പിച്ചുവെന്നാണ് പ്രശാന്തിന്റെ ഇപ്പോഴത്തെ ആരോപണം. വിസില്‍ ബ്ലോവറുടെ ആനുകൂല്യം തനിക്കുണ്ട്. നിയമം പഠിച്ച തനിക്ക് ഐഎഎസ് ചട്ടങ്ങളറിയാമെന്നും പ്രശാന്തിന്റെ ഫെയ്‌സ്ബുക്ക് പോസ്റ്റില്‍ പറയുന്നു. അതേസമയം തുടര്‍ച്ചയായി അച്ചടക്ക ലംഘനം നടത്തുന്ന പ്രശാന്തിനെതിരെ സംസ്ഥാന സര്‍ക്കാര്‍ ഉടന്‍ നടപടി സ്വീകരിക്കുമെന്നും റിപ്പോര്‍ട്ടുകളുണ്ട്.