തിരുവനന്തപുരത്ത് നിന്ന് 50 കീലോമീറ്റര്‍ അകലെ തമിഴ്‌നാട്ടിലെ തക്കലെയിലാണ് പദ്‌മനാഭപുരം കൊട്ടാരം സ്ഥിതി ചെയ്യുന്നത്. തിരുവിതാംകൂര്‍ രാ‍ജ വംശത്തിന്‍റെ ഔദ്യോഗിക വസതിയായിരുന്നിത്. 1601 എ.ഡിയില്‍ ഇര്‍വി ഇര്‍വി വര്‍മ്മ കുലശേഖര പെരുമാളാണ് ഇത് പണി കഴിപ്പിച്ചത്.
കല്‍ക്കുളം കൊട്ടാരമെന്നായിരുന്നു ഇതിന്‍റെ പേര് പിന്നീട് അനിഴം തിരുന്നാള്‍ മാര്‍ത്താണ്ഡവര്‍മ്മ ഇതിന്‍റെ പേര് പദ്‌മനാഭ പുരം കൊട്ടാരമെന്നാക്കി മാറ്റി. 6.5 ഏക്കറിയിലാണ് ഈ കൊട്ടാരം സ്ഥിതി ചെയ്യുന്നത്.
പിന്നീട് അധികാരമേറിയ ധര്‍മ്മരാജ തിരുവിതാംകൂറിന്‍റെ തലസ്ഥാനം പദ്‌മനാഭപുരത്ത് നിന്ന് തിരുവിതാംകൂറിലേക്ക് മാറ്റി. പിന്നീട്, തിരുവിതാംകൂര്‍ കുടുംബം ഈ കൊട്ടാരം പൈതൃക സ്വത്താ‍യി സംരക്ഷിച്ചു.
1956 ല്‍ കേരള സംസ്ഥാനം രൂപികരിച്ചപ്പോള്‍ ഇതിന്‍റെ ഉടമസ്ഥാവകാശം കേരള സര്‍ക്കാരിനായി. കൊട്ടാരത്തില്‍ നിന്നുള്ള വരുമാനം കേരളവും തമിഴ്നാടും ഒരുമിച്ച് പങ്കിടുന്നു.
മരം കൊണ്ടും, കല്ലു കൊണ്ടുമുള്ള ശില്‍പ്പങ്ങള്‍, തോക്കുകള്‍, പരിചകള്‍, തിരുവിതാംകൂറിലെ നാണയങ്ങള്‍, കുന്തങ്ങള്‍ എന്നിവയും ഇവിടെ പ്രദര്‍ശിപ്പിച്ചിട്ടുണ്ട്. 1994 ല്‍ പുരാതന ശൈലിയില്‍ ഒരു കെട്ടിടം പണിത് എല്ലാ പുരാതന വസ്തുക്കളും അങ്ങോട്ട് മാറ്റി.