ബന്ധുനിയമന വിവാദത്തിൽ കുടുങ്ങിയ ഇ പി ജയരാജൻ രാജി വെച്ചത് കേരളത്തെ ഞെട്ടിച്ച സംഭവങ്ങളിൽ ഒന്നായിരുന്നു. മന്ത്രിസ്ഥാനത്തിൽ എത്തിയതു മുതൽ വിവാദങ്ങൾ ഇ പിയുടെ കൂടെ തന്നെയുണ്ടായിരുന്നു. ജയരാജനെതിരെ ബന്ധുനിയമനവുമായി ബന്ധപ്പെട്ട് വിജിലൻസ് അന്വേഷണത്തിന് ഉത്തരവിട്ടിരുന്നു, ഇതിനെ തുടർന്നാണ് ജയരാജൻ മന്ത്രിസ്ഥാനം രാജി വെച്ചത്.
മന്ത്രിക്കസേരയിൽ അധികം നാൾ ഇരിക്കാനുള്ള യോഗം എന്തായാലും ജയരാജന് ഉണ്ടായില്ല. സർക്കാരിന്റെ പ്രതിച്ഛായ തകർക്കുന്ന രീതിയാണ് ജയരാജൻ സ്വീകരിച്ചതെന്നും ആക്ഷേപമുയർന്നിരുന്നു. തെറ്റ് സംഭവിച്ചാൽ അത് തിരുത്തുമെന്ന് കാണിച്ച് പിണറായി സർക്കാർ മാതൃകയായി. തെറ്റ് അംഗീകരിക്കുന്ന ഉശിരൻ സർക്കാർ എന്ന് ജനങ്ങളും പറഞ്ഞു.
കേരള സ്റ്റേറ്റ്സ് ഇൻഡസ്ട്രിയൽ എന്റർപ്രൈസസ് എം ഡി സ്ഥാനത്ത് പി കെ ശ്രീമതി ടീച്ചറിന്റെ മകൻ സുധീർ നമ്പ്യാരേയും കേരള ക്ലെയ്സ് ആൻഡ് സെറാമിക്സിന്റെ ജനറൽ മാനേജർ സ്ഥാനത്ത് സഹോദര പുത്രന്റെ ഭാര്യ ദീപ്തി നിഷാദിനെ നിയമിച്ചതുമാണ് ജയരാജനെ കുരുക്കിലാക്കിയത്. ബന്ധുനിയമന വിവാദത്തെ തുടർന്ന് ജയരാജനെ പാർട്ടിയും സർക്കാരും കൈയൊഴിഞ്ഞിരുന്നു. പിന്നീടാണ് ജയരാജൻ രാജി വെച്ചത്.