മണത്തണയിലെ കുളങ്ങരത്ത്, കരിന്പനക്കല്‍, ചാത്തോത്ത്, ആക്കല്‍, തിട്ടയില്‍ തറവാട്ടുകാരുടെ നേതൃത്വത്തിലായിരുന്നു കൊട്ടിയൂരില്‍ മുന്‍പ് ഉത്സവം നടന്നിരുന്നത്. പിന്നീട് ദേവസ്വംഭരണത്തില്‍ കീഴിലായി . കൊട്ടിയൂര്‍ ഉത്സവത്തെപറ്റി പല ഐതീഹ്യകഥകളുമുണ്ട്.
കൊടീയൂരില്‍ സ്വയംഭൂ ലിംഗം ഉണ്ടയതിനെ കുറിച്ചുള്ള കഥ ഇങ്ങനെയാണ് .പരമശിവന്‍റെ ഭാര്യയായ സതീദേവിയുടെ അച്ഛന്‍ ദക്ഷന്പ്രജാപതി ഒരിക്കല്‍ ഒരു യാഗം നടത്താന്‍ തീരുമാനിച്ചു.
പലരേയും യാഗത്തിന് ക്ഷണിച്ചെങ്കിലും സതീദേവിയെയും പരമശിവനേയും മാത്രം ക്ഷണിച്ചില്ല. അച്ഛന്‍റെ യാഗത്തിന് പോകണമെന്ന് സതീദേവി ശാഠ്യം പിടിച്ചു മനസ്സില്ലാമനസ്സോടെ യാഗത്തിന് ശിവന്‍ ഭൂതഗണങ്ങളുടെ കൂടെ സതീദേവിയെ പറഞ്ഞയച്ചു.പക്ഷേ ക്ഷണിക്കാതെ യാഗത്തിനെത്തിയ സതീദേവിയെ ദക്ഷന്‍ അപമാനിച്ചു അതില്‍ അപമാനിതയായ സതീദേവി യാഗാഗ്നിയില്‍ ആത്മാഹൂതി ചെയ്തു
കൈലാസത്തിലിരുന്ന് ഇതെല്ലാം കണ്ട ശിവന്‍ കോപത്താല്‍ വിറച്ചു സ്വയം ജടപറിച്ചു നിലത്തടിച്ച് ശിവന്‍ വീരഭദ്രനെ സൃഷ്ടിച്ചു. ശിവന്‍റെ കല്പനപ്രകാരം വീരഭദ്രനും കൂട്ടരും ദക്ഷന്‍റെ ശിരസ്സറുത്തു. യാഗം മുടങ്ങുമെന്ന് ഭയന്ന ദേവന്മാരും മുനിമാരും ബ്രഹ്മാവും വിഷ്ണുവുമെല്ലാം ചേര്‍ന്ന് യാഗം പൂര്‍ത്തിയാക്കണമെന്ന് ശിവനോടപേക്ഷിച്ചു.
ശിവന്‍ യാഗഭൂമിയില്‍ പ്രത്യക്ഷനായി ദക്ഷന്‍റെ കബന്ധത്തില്‍ ആടിന്‍റെ തലയറുത്തു ചേര്‍ത്തു വച്ച് യാഗം പൂര്‍ത്തിയാക്കിച്ചു.
പിന്നീട് ഈ പ്രദേശം വനമായി മാറി. ദക്ഷയാഗം നടന്ന പ്രദേശമാണ് കൊട്ടിയൂര്‍ എന്നാണ് വിശ്വാസം. അവിടെ താമസമുരപ്പിച്ച കുറിച്യരുടെ അമ്പുതട്ടി ഒരു കല്ലില്‍ നിന്നു രക്തം വാര്‍ന്നു . അത് ശിവലിംഗമായിരുന്നു. ഇതാണ് കൊട്ടിയൂര്‍ ക്ഷേത്രത്തിലെ സ്വയംഭൂലിംഗം.
പരശുരാമന്‍ കടലില്‍ നിന്നു കേരളം വീണ്ടെടുത്തതില്‍ പിന്നെ കൊട്ടിയൂര്‍ ത്രിശിരസ്സിന്‍റെ വാസസ്ഥലമായി. ഒരു ദിവസം കൊട്ടിയൂരില്‍ എത്തിയ പരശുരാമന്‍, കലി അട്ടഹസിച്ചുകൊണ്ട് ഓടിവരുന്നത് കണ്ടു. അദ്ദേഹംകലിയെ പിടിച്ചു കെട്ടി അടിച്ചവശനാക്കി.
കലിയെ കൊല്ലുമെന്ന് ഭയന്ന ത്രിമൂര്‍ത്തികളും ദേവന്മാരും കെട്ടഴിച്ചു വിടാന്‍ പരശുരാമനോട് അപേക്ഷിച്ചു. പക്ഷേ കേരളത്തില്‍ മേലില്‍ കലിബാധയുണ്ടാവില്ലെന്ന് ഉറപ്പു നല്‍കണമെന്ന് പരശുരാമന്‍ അവരോട് പറഞ്ഞു
കലിബാധ ഒഴിവാക്കണമെങ്കില്‍ അവിടെ 27 ദിവസത്തെ വൈശാഖ മഹോത്സവം നടത്തണമെന്ന് ത്രിമൂര്‍ത്തികള്‍ ആവശ്യപ്പെട്ടു. ഉത്സവച്ചിട്ട നിര്‍ണ്ണയിച്ച്അസേഷം പരശുരാമന്‍ കലിയെ അഴിച്ചു വിട്ടു. ഇങ്ങനെയാണത്രേ കൊട്ടിയൂരില്‍ വൈശാഖ മഹോത്സവം തുടങ്ങിയത്.
കൊട്ടിയൂരിലെ തൃക്കലശാട്ടത്തിനുമുണ്ട് ഐതിഹ്യം.
ഒരിക്കല്‍ കോട്ടയത്ത് തന്പുരാന്‍റെ ക്ഷണം സ്വീകരിച്ചു കൊട്ടിയൂരില്‍ തീര്‍ത്ഥാടനത്തിനെത്തിയ സാമൂതിരി അന്പലമില്ലാത്ത ദൈവസന്നിധി കണ്ട് അതൃപ്തനായത്രെ. രാത്രി ഉറക്കത്തില്‍ ക്ഷേത്രം കണ്ട് കണ്‍കുളിര്‍ത്ത സാമൂതിരി നേരത്തെ തോന്നിയ അപ്രിയത്തിനു പരിഹാരമായി കളഭാഭിഷേകം നടത്താമെന്ന് നേരുകയായിരുന്നു.