2006-ലെ കേസില്‍ പെരിയാര്‍ അന്തര്സംസ്ഥാന നദിയായതിനാല്‍ ഹര്‍ജി ജലതര്‍ക്ക ട്രൈബ്യൂണലിന് വിടണമെന്നുമുള്ള നിലപാടാണ് കേരളം സ്വീകരിച്ചതെന്ന് കോടതി വ്യക്തമാക്കി. കേരളത്തിലൊഴുകുന്ന നദിയാണെങ്കില്‍ കേരളം അത്തരത്തിലൊരു നിലപാട് എടുക്കില്ലായിരുന്നുവെന്ന് ചീഫ് ജസ്റ്റിസ് ആര്‍എം ലോധ അധ്യക്ഷനായ ബെഞ്ച് വ്യക്തമാക്കി.
ജലനിരപ്പ് 142 അടിയായി ഉയര്‍ത്തണമെന്ന 2006-ലെ വിധി പുനഃപരിശോധിക്കണമെന്ന് ആവശ്യപ്പെട്ട് നല്‍കിയ ഹര്‍ജിയിലാണ് ആദ്യമായി പെരിയാര്‍, സംസ്ഥാനത്തിലൂടെ ഒഴുകുന്ന നദിയെന്ന നിലപാട് കേരളം എടുത്തത്. കേരളത്തിലൊഴുകുന്ന നദിയാണെങ്കിലും അന്തര്സംസ്ഥാന കരാറിന്റെ ഭാഗമാണെന്നായിരുന്നു പുനഃപരിശോധനാ ഹര്‍ജിയിലെ വാദം. എന്നാല്‍, 2006 ജൂലായ് മാസത്തില്‍ ഹര്‍ജി സുപ്രീംകോടതി തള്ളി.
കേരള പൊതുമരാമത്ത് വകുപ്പ് 1958-ല്‍ തയ്യാറാക്കിയ കേരളത്തിലെ ജലസ്രോതസുകള്‍ എന്ന പുസ്തകത്തില്‍ പെരിയാര്‍ അന്തര്സംസ്ഥാന നദിയാണെന്ന് വ്യക്തമാക്കുന്നുണ്ട്. പെരിയാര്‍ നദീതടത്തിന്റെ ഭൂപ്രകൃതി നോക്കുമ്പോള്‍ ഒരുഭാഗം തമിഴ്‌നാട്ടിലാണെന്ന് കേരളത്തിന്റെ സാക്ഷിയായി ഉന്നതാധികാര സമിതി മുമ്പാകെ ഹാജരായ എംകെ പരമേശ്വരന്‍ നായരും സമ്മതിച്ചിട്ടുണ്ടെന്ന് 158 പേജുള്ള വിധിയില്‍ പറയുന്നു. കേരളത്തിന്റെ ജലഭൂപടപുസ്തകത്തില്‍ പെരിയാര്‍ തടത്തില്‍ ഒരു ഭാഗം തമിഴ്‌നാട്ടിലാണെന്ന് ചൂണ്ടിക്കാട്ടുന്നുണ്ട്.
തമിഴ്‌നാടിന്റെ ഭാഗമായുള്ള പെരിയാര്‍ നദീതടം വളരെ കുറച്ചാണ്. എന്നാലത്, പെരിയാര്‍ അന്തര്സംസ്ഥാന നദിയാണെന്ന സ്ഥിതിയില്‍ മാറ്റമൊന്നും വരുത്തുന്നില്ല. പെരിയാര്‍ നദീതടത്തില്‍പ്പെട്ട 114 ചതുരശ്ര കിലോമീറ്റര്‍ തമിഴ്‌നാട്ടിലാണ്. ഒരു നദിയുടെ നീരൊഴുക്ക് ഒന്നിലധികം സംസ്ഥാനങ്ങളിലായി കിടക്കുകയാണെങ്കില്‍ ആ നദികളെ അന്തര്സംസ്ഥാന നദിയായിട്ടാണ് കണക്കാക്കുന്നതെന്ന് കേരള പൊതുമരാമത്തുവകുപ്പിന്റെ റിപ്പോര്‍ട്ടിലും പറയുന്നു. അതില്‍ പെരിയാറും പെടുമെന്ന് കേരളം സമ്മതിച്ചിട്ടുണ്ട്.
കേരളത്തിലൊഴുകുന്ന നദിയെന്ന് അവകാശമുന്നയിച്ച സാഹചര്യത്തില്‍ അത് തെളിയിക്കാനുള്ള ബാധ്യതയും സംസ്ഥാനത്തിനാണ്. കോടതിക്ക് തൃപ്തിയായ ഒരു തെളിവും സമര്‍പ്പിക്കാന്‍ അവര്‍ക്ക് കഴിഞ്ഞിട്ടില്ലെന്ന് വിധിയില്‍ പറയുന്നു. അതേസമയം, കേരളത്തിന് പുറമേ, തങ്ങളും നദീതീരത്താണെന്ന തമിഴ്‌നാടിന്റെ വാദം അംഗീകരിക്കാന്‍ കഴിയില്ല.
കൊല്ലം ജില്ലയില്‍ ഉദ്ഭവിച്ച് അറബിക്കടലില്‍ ചേരുന്നതിന് മുമ്പ് കേരളത്തിലൂടെ മാത്രമൊഴുകുന്ന നദിയാണ് പെരിയാറെന്ന് കേരളത്തിനുവേണ്ടി ഹാജരായ മുതിര്‍ന്ന അഭിഭാഷകന്‍ ഹരീഷ് സാല്‍വേ കോടതിയില്‍ വാദിച്ചിരുന്നു. 244 കിലോമീറ്റര്‍ സഞ്ചരിച്ച് നദി കടലില്‍ ചേരുന്നു. തമിഴ്‌നാടിന്റെ ഒരു ഭാഗത്തും നദി കടക്കുന്നില്ല. നേരത്തേയുള്ള കേസില്‍ പെരിയാര്‍ അന്തസ്സംസ്ഥാന നദിയല്ലെന്ന് വാദിക്കാത്തത് കൊണ്ട് പുതിയതായി അത്തരമൊരു നിലപാട് എടുക്കരുതെന്ന് നിര്‍ബന്ധിക്കാന്‍ കഴിയില്ലെന്നും അദ്ദേഹം ചൂണ്ടിക്കാട്ടിയിരുന്നു.