ജനനേന്ദ്രിയം മുറിച്ച കേസിൽ സ്വാമി ഗംഗേശാനന്ദ തീർഥപാദയെ അനുകൂലിച്ച് പെണ്‍കുട്ടി. സ്വാമി തന്നെ ഉപദ്രവിച്ചിട്ടില്ലെന്നു സ്വാമിക്കെതിരെ താന്‍ ഒന്നും പറഞ്ഞിട്ടില്ലെന്നും പെണ്‍കുട്ടി ഹൈക്കോടതിയില്‍ പറഞ്ഞു. മജിസ്ട്രേട്ടിന് മുന്നില്‍ രഹസ്യമൊഴി നല്‍കിയത് പൊലീസ് ഭീഷണിമൂലമാണെന്നും പെൺകുട്ടി വ്യക്തമാക്കി.
എന്നാൽ, പെണ്‍കുട്ടിയുടെ സത്യവാങ്മൂലം ശരിയല്ലെന്ന് പൊലീസ് ഹൈക്കോടതിയില്‍ വാദിച്ചു. കേസില്‍ കക്ഷിചേര്‍ക്കണമെന്ന പെണ്‍കുട്ടിയുടെ ആവശ്യത്തെ പ്രോസിക്യൂഷന്‍ എതിര്‍ത്തു. പെണ്‍കുട്ടിക്കെതിരെ അവരുടെ അമ്മയും ഗംഗേശാനന്ദയുടെ അമ്മയും പൊലീസ് മേധാവിക്ക് പരാതി നൽകിയിരുന്നു.
തിരുവനന്തപുരം പേട്ട സ്വദേശിനിയായ യുവതിയുടെ പ്രണയബന്ധത്തെ സ്വാമി എതിർത്തതാണ് അക്രമത്തിന് വഴിവെച്ചതെന്ന് കാണിച്ചാണ് ഗംഗേശാനന്ദയുടെ അമ്മ ഡിജിപിക്ക് പരാതി നൽകിയത്. കേസുമായി ബന്ധപ്പെട്ട് കാമുകൻ അയ്യപ്പദാസിനെ ക്രൈംബ്രാഞ്ച് കസ്റ്റഡയിലെടുത്തിരുന്നു. അയ്യപ്പദാസ് ആവശ്യപ്പെട്ടതനുസരിച്ചാണു സ്വാമിയുടെ ജനനേന്ദ്രിയം ഛേദിച്ചതെന്നു പെൺകുട്ടി പിന്നീട് മൊഴി നൽകി.