എന്നാല് ജലനിരപ്പ് ഉയര്ത്തുന്നതില് താന് എതിരായിരുന്നുവെന്ന് കെ.ടി തോമസ് പറഞ്ഞു. ഇക്കാര്യം ഉന്നതാധികാരസമിതി റിപ്പോര്ട്ടില് വിയോജനക്കുറുപ്പ് രേഖപ്പെടുത്തിയിരുന്നു.
എന്നാല് സുപ്രീം കോടതിയില് കേരളത്തിന്റെ അഭിഭാഷകര് ഇത് അറിയിച്ചില്ലെന്നും അദ്ദേഹം പറഞ്ഞു. കേസില് കേരളത്തിന്റെ വാദങ്ങളുടെ മുനയൊടിഞ്ഞതിനു കാരണം ഉന്നതാധികാര സമിതിയില് കെടി തോമസ് എടുത്ത നിലപാടുകള് മൂലമാണെന്ന ആരോപണമുയര്ന്നിരുന്നു.