2010-11ല് 547 മദ്രസകള്ക്ക് 14.68 കോടി രൂപയും 2012-13ല് 1328 മദ്രസകള്ക്ക് 70.98 കോടി രൂപയുമാണ് വിദ്യഭ്യാസ വകുപ്പ് അനധികൃതമായി നല്കിയത്.മതപഠനത്തിനുമാത്രമായി മദ്രസകളില് വരുന്ന കുട്ടികള്ക്ക് പൊതുവിദ്യാഭ്യാസംകൂടി നല്കുവാനാണ് കേന്ദ്ര പദ്ധിതിക്ക് രൂപം നല്കിയത്.
പദ്ധതിപ്രകാരം മുഴുവന്സമയം മതപഠനത്തിനായി പ്രവര്ത്തിക്കുന്ന മദ്രസകള്ക്കാണ് ഗ്രാന്റിനു അര്ഹതയുണ്ടായിരുന്നത്. എന്നാല് ഇത്തരത്തില് പ്രവര്ത്തിക്കുന്ന മദ്രസകള് കേരളത്തിലില്ലെന്നും മതപഠനത്തിന് വരുന്ന കുട്ടികളെല്ലാം തന്നെ വിദ്യാഭ്യാസത്തിനായി പുറത്ത് സ്കൂളുകളില് പോകുന്നവരാണെന്നും അതിനാല് തുക അനുവദിച്ചത് ചട്ടവിരുദ്ധമാണെന്നും റിപ്പോര്ട്ട് പറയുന്നു.
മദ്രസകള്ക്കെതിരെ അന്വേഷണം നടത്തുമെന്ന് സംസ്ഥാനസര്ക്കാര് സി.എ.ജി.ക്ക് ഉറപ്പുനല്കിയിരുന്നു എന്നാല് അന്വേഷണം നടത്താതെ അടുത്തഘട്ടം ഫണ്ട് വിതരണംചെയ്യുകയാണ് ചെയ്തത്