സിനിമയില്‍ എക്കാലത്തും തിളങ്ങി നിന്നെങ്കിലും പ്രതാപ് പോത്തന്റെ വ്യക്തിജീവിതത്തെ കുറിച്ച് അധികമാര്‍ക്കും അറിയില്ല. 1985 ല്‍ നടി രാധികയെ പ്രതാപ് പോത്തന്‍ വിവാഹം കഴിച്ചു. ഇരുവരുടേയും പ്രണയ വിവാഹമായിരുന്നു. ഈ ബന്ധം ഒരു വര്‍ഷം മാത്രമാണ് നീണ്ടുനിന്നത്. 1986 ല്‍ ഇരുവരും നിയമപരമായി വേര്‍പിരിഞ്ഞു. പിന്നീട് 1990 ല്‍ സീനിയര്‍ കോര്‍പറേറ്റ് പ്രൊഫഷണല്‍ ആയ അമല സത്യനാഥിനെ പ്രതാപ് പോത്തന്‍ വിവാഹം കഴിച്ചു. 22 വര്‍ഷത്തിനൊടുവില്‍ ഈ ബന്ധവും വേര്‍പ്പെടുത്തി. പ്രതാപ് പോത്തനും അമലയ്ക്കും ഒരു മകളുണ്ട്.
