മുഹമ്മദ്‌ ഫസല്‍ വധക്കേസില്‍ മുന്‍ മന്ത്രി കോടിയേരി ബാലകൃഷ്ണന്റെ പങ്ക് അന്വേഷിക്കണം എന്നാവശ്യപ്പെട്ട് ഫസലിന്റെ ഭാര്യ മറിയു ഹൈക്കോടതിയില്‍ ഹര്‍ജി നല്‍കി. കേസില്‍ കോടിയേരിയുടെ പങ്കിനെക്കുറിച്ച്‌ വിശദമായ അന്വേഷണം നടത്തണം എന്ന് ആവശ്യപ്പെട്ടാണ്‌ ഹര്‍ജി.
2006 ഒക്ടോബര്‍ 22 ന്‌ പുലര്‍ച്ചെയാണ്‌ എന്‍ ഡി എഫ് പ്രവര്‍ത്തകനായ മുഹമ്മദ്‌ ഫസല്‍ (35) തലശേരി മാടപ്പീടികയ്ക്ക്‌ സമീപം വെച്ച്‌ വെട്ടേറ്റു മരിച്ചത്‌. സംഭവത്തിന് പിന്നില്‍ ആര്‍ എസ് എസുകാരാണെന്ന് അന്നത്തെ ആഭ്യന്തര മന്ത്രിയായ കോടിയേരി ബാലകൃഷ്ണന്‍ ആരോപണം ഉന്നയിച്ചിരുന്നു. ഇത് വലിയ വിവാദമായിരുന്നു.
സി ബി ഐ നടത്തിയ അന്വേഷണത്തിലാണ് സംഭവത്തിന് പിന്നില്‍ സി പി എം ആണെന്ന് കണ്ടെത്തിയത്. ഫസലിന്റെ ഭാര്യയുടെ ഹര്‍ജിയെ തുടര്‍ന്ന്‌ ഹൈക്കോടതി ഉത്തരവനുസരിച്ചാണ്‌ കേസ് സിബിഐ ഏറ്റെടുത്തത്‌. ഫസല്‍ സി പി എം വിട്ട്‌ എന്‍ഡിഎഫിലേക്ക്‌ മാറിയതാണ്‌ കൊലപാതകത്തിന്‌ പ്രേരിപ്പിച്ചതെന്ന്‌ സിബിഐ കോടതിയില്‍ വ്യക്തമാക്കിയിരുന്നു.