മറ്റ് രാജ്യങ്ങള്ക്ക് ആണവായുധ സാങ്കേതിക വിദ്യ കൈമാറിയതിനെ തുടർന്ന് 2004ൽ ഡോ. ഖാൻ വീട്ടുതടങ്കലിലാക്കപ്പെട്ടിരുന്നു.പിന്നീട് കുറ്റം ഏറ്റുപറഞ്ഞതിനെ തുടർന്ന് അന്നത്തെ പ്രസിഡന്റ് മുഷ്റഫ് മാപ്പ് നല്കുകയും ചെയ്തു. കോടതി വിധിയും അനുകൂലമായതോടെ 2009 ഫെബ്രുവരിയില് അദ്ദേഹത്തെ തടങ്കലില് നിന്ന് വിട്ടയക്കുകയായിരുന്നു.
