സിസേറിയന്‍ എന്നത് ഒരു വലിയ സര്‍ജറി എന്നതാണ് ഇതിന്റെ പ്രധാന ബുദ്ധിമുട്ട്. സര്‍സറി എന്തൊക്കെ പാര്‍ശ്വഫലങ്ങള്‍ ഉണ്ടാകാന്‍ സാധ്യതയുണ്ടോ അതൊക്കെ സിസേറിയനും ഉണ്ടാകാന്‍ സാധ്യതയുണ്ട്. ബ്ലീഡിങ്, ഇന്‍ഫക്ഷന്‍, ബ്ലഡ് ക്ലോട്ട്, എന്നിവയൊക്കെ ഉണ്ടാകാം. മറ്റൊന്ന് ദീര്‍ഘനാള്‍ ആശുപത്രിയില്‍ കഴിയേണ്ടി വരും എന്നതാണ്.
മാതാവിന്റെ ആരോഗ്യത്തില്‍ ദീര്‍ഘകാലത്തേക്കുള്ള ആരോഗ്യ പ്രശ്‌നത്തിനും സാധ്യതയുണ്ട്. ഭാവിയില്‍ വരാനുള്ള പ്രസവത്തെയും അത് ബാധിക്കാന്‍ സാധ്യതയുണ്ട്.