കോടിയേരി ബാലകൃഷ്ണനെ സി പി എം സംസ്ഥാന സെക്രട്ടറിയായി ഐകകണ്‌ഠേന തിരഞ്ഞെടുത്തു . സംസ്ഥാന സെക്രട്ടറി സ്ഥാനത്തേക്ക് ഇ പി ജയരാജന്റെ പേര് സംസ്ഥാന നേതൃത്വം നിര്‍ദ്ദേശിച്ചിരുന്നു. എന്നാല്‍ കോടിയേരി തന്നെ മതിയെന്ന് കേന്ദ്ര നേതൃത്വം നിലപാടെടുക്കുകയായിരുന്നു.
സംസ്ഥാന സമതിയിലെ 87 അംഗ പാനലിന് അംഗീകാരം നല്‍കി. രാഷ്ടീയത്തിലും പാര്‍ട്ടിയിലും പിണറായിയുടെ പിന്‍ഗാമിയായാണ് കോടിയേരിയെ കണക്കാക്കപ്പെടുന്നത്. പാര്‍ട്ടി നേതൃസ്ഥാനത്തു നിന്നും മാറുന്നതോടെ പിണറായി പാര്‍ലമെന്ററി രാഷ്ട്രീയത്തിലേക്ക് പ്രവേശിക്കുമെന്നാണ് രാഷ്ട്രീയ നിരീക്ഷകര്‍ വിലയിരുത്തുന്നത്.
വിദ്യാര്‍ഥി രാഷ്ട്രിയ പ്രവര്‍ത്തനത്തിലൂടെ കോടിയേരി ബാലകൃഷ്ണന്‍ രാഷ്ട്രീയത്തിലെത്തുന്നത്. എസ് എഫ്ഐയുടെ അഖിലേന്ത്യാ പ്രസിഡന്റായി പ്രവര്‍ത്തിച്ചിട്ടുണ്ട്. അടിയന്തരാവസ്ഥക്കാലത്ത് ഒന്നര വര്‍ഷത്തോളം ജയില്‍വാസം അനുഭവിച്ചിട്ടുണ്ട്. 1982, 1987, 2001, 2006 എന്നീ വര്‍ഷങ്ങളില്‍ കേരള നിയമസഭയിലേക്ക് തിരഞ്ഞെടുക്കപ്പെട്ടിട്ടുണ്ട്.
കൊയമ്പത്തൂരിര്‍ വെച്ച് 2008 ഏപ്രില്‍ 3-ന് നടന്ന പാര്‍ട്ടി കോണ്‍ഗ്രസിലാണ് കോടിയേരി പോളിറ്റ് ബ്യൂറോയിലേക്ക് തിരഞ്ഞെടുക്കപ്പെടുന്നത്. കൊടിയേരി ബാലകൃഷ്ണന്‍ സംസ്ഥാന സെക്രട്ടറിയേറ്റ് അംഗവും സിപിഎമ്മിന്റെ പോളിറ്റ് ബ്യൂറോ അംഗവും പാര്‍ലമെന്ററി പാര്‍ട്ടി ഉപാദ്ധ്യക്ഷനുമാണ്. 2006 മുതല്‍ 2011 വരെയുള്ള കാലഘട്ടത്തില്‍ കേരളത്തിലെ ആഭ്യന്തര, ടൂറിസം മന്ത്രിയായിരുന്നു. കേരള നിയമസഭയിലെ പ്രതിപക്ഷ ഉപനേതാവും സിപി എമ്മ്മിന്റെ തലശ്ശേരില്‍ നിന്നുള്ള നിയമസഭാംഗമാണ് കോടിയേരി ബാലകൃഷ്ണന്‍.