ബാര്‍കോഴ കേസില്‍ കെ എം മാണിക്കെതിരെ മതിയായ തെളിവുകളുണ്ടായിരുന്നെന്ന് മുന്‍ വിജിലന്‍സ് ഡയറക്ടര്‍ ജേക്കബ് തോമസ്. 2015ലെ അന്വേഷണ റിപ്പോര്‍ട്ട് മാണിക്ക് ക്ലീന്‍ ചിറ്റ് നല്കിക്കൊണ്ടുള്ളത് ആയിരുന്നില്ല. ആ റിപ്പോര്‍ട്ട് പിന്നീട് അട്ടിമറിക്കപ്പെടുകയായിരുന്നെന്നും അദ്ദേഹം പറഞ്ഞു.
അങ്ങനെ കേസ് അട്ടിമറിക്കാൻ സഹായിച്ചവരെ ഉന്നതസ്ഥാനത്തെത്തിക്കുന്ന നയമാണ് കേരളസര്‍ക്കാരിന്റേതെന്നും ജേക്കബ് തോമസ് പറഞ്ഞു. ബാര്‍കോഴ കേസില്‍ പുനരന്വേഷണം നടത്തണമെന്ന് തന്റെ കാലത്ത് തീരുമാനമെടുത്തിരുന്നു.
റിപ്പോര്‍ട്ട് കിട്ടുന്നതിന് മുമ്പ് തന്നെ വിജിലന്‍സില്‍ നിന്ന് മാറ്റി. താന്‍ ഡയറക്ടര്‍ സ്ഥാനത്ത് നിന്ന് മാറിയ ശേഷം വിജിലന്‍സ് അഴിമതിക്കേസുകള്‍ കൂട്ടത്തോടെ എഴുതിത്തള്ളിയതായും ജേക്കബ് തോമസ് ആരോപിച്ചു.