1991ൽ തമിഴ്നാടിന്റെ മുഖ്യമന്ത്രിയായി ആദ്യമായി ജയലളിത അധികാരത്തിൽ എത്തിയപ്പോൾ തനിക്കൊപ്പം വിവാദങ്ങൾ യാത്ര ചെയ്യുമെന്ന കാര്യം അവർ അറിഞ്ഞിരിക്കില്ല. അഴിമതിയുടെയും സ്വജന പക്ഷപാതിത്വത്തിന്റെയും നിരവധി കഥകളായിരുന്നു ജയയുടെ ഭരണകാലത്ത് പുറത്ത് വന്നത്. 1996ലെ തിരഞ്ഞെടുപ്പില്‍ ഇത് വ്യക്തമായി പ്രതിഫലിക്കുകയും ചെയ്തു.
1997-ലാണ് ജനതാ പാര്‍ട്ടി നോതാവായിരുന്ന സുബ്രഹ്മണ്യന്‍ സ്വാമിയുടെ പരാതിയിന്മേല്‍ ഡിഎംകെ അനധികൃതമായി സ്വത്ത് സമ്പാദിച്ചു എന്ന കുറ്റം ചുമത്തി ജയലളിതക്കെതിരെ കേസെടുക്കുന്നത്. എ ഐ ഡി എം കെയെ തറപറ്റിച്ച് അധികാരത്തിലെത്തിയ ഡി എം കെയുടെ ഈ ഭരണകാലത്ത് അഴിമതി കേസുകളുടെ പേരില്‍ ജയ അറസ്റ് ചെയ്യപ്പെട്ടു. ജയയ്ക്കെതിരായ കേസുകള്‍ വിചാരണ ചെയ്യുന്നതിന് പ്രത്യേക കോടതി രൂപവത്കരിക്കുകയും ചെയ്തു.
തനിക്കെതിരെ ഉയർന്ന അഴിമതി ആരോപണങ്ങളിൽ പെട്ട് തന്റെ യശ്ശസ് ചോർന്ന് പോയോ എന്ന സംശയത്തിൽ നിന്നും പ്രതിച്ഛായക്കേറ്റ മങ്ങൽ തിരിച്ച് പിടിക്കാനായിരിക്കണം സ്വന്തം പേരിലുള്ള ധാരാളം ജനപ്രിയ പദ്ധതികൾക്ക് അവർ തുടക്കം നൽകിയത്. അമ്മ കാന്റീൻ, അമ്മ സിമന്റ്, അമ്മ ഉപ്പ്, അമ്മ കുപ്പിവെള്ളം, അമ്മ മെഡിക്കൽ ഷോപ്പ് എന്നിങ്ങനെ നിരവധി ജനപ്രിയ പദ്ധതികൾ ജയലളിത അവതരിപ്പിച്ചു.