പോപ്പുലർ ഫ്രണ്ടിനൊപ്പം റിഹാബ് ഇന്ത്യ ഫൗണ്ടേഷൻ,ക്യാമ്പസ് ഫ്രണ്ട് ഓഫ് ഇന്ത്യ, ഓൾ ഇന്ത്യ ഇമാംസ് കൗൺസിൽ,നാഷണൽ കോൺഫെഡറേഷൻ ഓഫ് ഹ്യൂമൻ റൈറ്റ്സ് ഓർഗനൈസേഷൻ, നാഷണൽ വിമൻസ് ഫ്രണ്ട്,ജൂനിയർ ഫ്രണ്ട്. എമ്പവർ ഇന്ത്യ ഫൗണ്ടേഷൻ റിഹാബ് ഫൗണ്ടേഷൻ കേരള എന്നീ അനുബന്ധ സംഘടനകൾക്കും നിരോധനമുണ്ട്.
പിഎഫ്ഐ സ്ഥാപക അംഗങ്ങളിൽ പലരും സിമി നേതാക്കളാണ്. പിഎഫ്ഐക്ക് ജമാത്ത് - ഉൽ - മുജാഹിദീൻ ബംഗ്ലാദേശുമായി (ജെഎംബി) ബന്ധമുണ്ട്. ഇവ രണ്ടും നിരോധിത സംഘടനകളാണ്. കൂടാതെ ഇസ്ലാമിക് സ്റ്റേറ്റ് ഓഫ് ഇറാഖ്, സിറിയ തുടങ്ങിയവയുമായും അന്താരാഷ്ട്ര ബന്ധങ്ങൾ.