ജലന്ധറിന് സമീപം ദൗസയിലെ പള്ളിയിലെ മുറിയിൽ മരിച്ച നിലയിലാണ് ഫാ. കുര്യാക്കോസിനെ കണ്ടെത്തിയത്. മരണത്തിൽ ദുരൂഹതയുണ്ടെന്ന് ബന്ധുക്കളും ഒരു വിഭാഗം വൈദികരും ആരോപിക്കുന്നുണ്ട്. ഫാദറിന് ആരോഗ്യ പ്രശ്നങ്ങൾ ഉണ്ടായിരുന്നതുകൊണ്ട് രൂപതയുടെ ചുമതലകളിൽ നിന്ന് മാറ്റി നിർത്തിയിരിക്കുകയായിരുന്നു. ബിഷപ്പിനെതിരെ പരാതി ഉന്നയിച്ച കന്യാസ്ത്രീയ്ക്ക് ഫാദർ കുര്യാക്കോസ് സഹായങ്ങള് നല്കുകയും ബിഷപ്പിനെതിരെ ശക്തമായ നിലപാടെടുക്കുകയും ചെയ്തിരുന്നു.
കന്യാസ്ത്രീയെ പീഡിപ്പിച്ച കേസില് സെപ്റ്റംബര് 21നാണ് ബിഷപ്പിനെ പൊലീസ് അറസ്റ്റ് ചെയ്തത്. ഒക്ടോബര് 16നാണ് ഫ്രാങ്കോ മുളയ്ക്കല് ജയില് മോചിതനായത്. കേരളത്തില് പ്രവേശിക്കരുതെന്നും പാസ്പോര്ട്ട് കോടതിയില് ഹാജരാക്കേണ്ടതാണെന്നും, അന്വേഷണ ഉദ്യോഗസ്ഥര് പറയുമ്പോൾ കോടതിയില് ഹാജരാകേണ്ടതുമാണെന്ന ഉപാധികളോടെയാണ് ബിഷപ്പിന് കോടതി ജാമ്യം അനുവദിച്ചത്.