അനുമതിയില്ലാതെ ഉപകരണങ്ങൾ ധൃതി കാണിച്ച് വാങ്ങി കൂട്ടിയതിലൂടെ ഖജനാവിൽ നഷ്ടമാണുണ്ടായതെന്ന് പരിശോധനയിൽ തെളിഞ്ഞു. ജേക്കബ് തോമസ് ഐ.പി.എസ് ഡയറക് ടറായിരിക്കെ തുറമുഖ വകുപ്പിന്റെ 14 ഓഫീസുകളില്‍ സോളാര്‍ പാനല്‍ സ്ഥാപിച്ചതിലാണ് ഒരു വീഴ്ച കണ്ടെത്തിയിരിക്കുന്നത്. പദ്ധതി ഫലം കാണ്ടില്ല. ഫലം കാണാത്തതിനാല്‍ പണം തിരിച്ചുപിടിക്കാന്‍ ജേക്കബ് തോമസ് നടപടി സ്വീകരിച്ചില്ല എന്നും കണ്ടെത്തിയിട്ടുണ്ട്.
അതോടൊപ്പം, സി.ആര്‍.ഇസഡ് ചട്ടം ലംഘിച്ച് തുറമുഖ വകുപ്പിന് കെട്ടിടം നിര്‍മ്മിച്ചതിലും ജേക്കബ് തോമസിന് വീഴ്ചയുണ്ടായി എന്നും റിപ്പോര്‍ട്ടിലുണ്ട്. അനുമതി വാങ്ങാതെ തുറമുഖ വകുപ്പിന്റെ ഓഫീസുകളിലേക്ക് ഇലക് ട്രോണിക് ഉപകരണങ്ങള്‍ ധൃതിപിടിച്ച് വാങ്ങിക്കുട്ടിയതിലും ക്രമക്കേട് കണ്ടെത്തിയിട്ടുണ്ട്. ആരോപണങ്ങൾ ഉയർന്നപ്പോൾ ജേക്കബ് തോമസിനെതിരെ കഴിഞ്ഞ സർക്കാർ അന്വേഷണത്തിന് ഉത്തരവിട്ടിരുന്നു, എന്നാൽ, പുതിയ സർക്കാർ അധികാരത്തിൽ വന്നെങ്കിലും ഇക്കാര്യത്തിൽ ഒരു നടപടി ആയിട്ടില്ല.
