മുൻ കായിക മന്ത്രി ഇ പി ജയരാജന്റെ മന്ത്രിസ്ഥാനം തെറിച്ചതിന്റെ പ്രധാന കാരണം ബന്ധു നിയമന വിവാദമായിരുന്നു. ബന്ധുനിയമനത്തില്‍ ഇ പി ജയരാജന് ഒന്നാം പ്രതി. ജയരാജനു പുറമെ പി കെ ശ്രീമതി എം.പിയുടെ മകന്‍ സുധീര്‍ നമ്പ്യാര്‍, വ്യവസായ വകുപ്പ് അഡീഷനല്‍ ചീഫ് സെക്രട്ടറി പോള്‍ ആന്‍റണി എന്നിവരാണ് മറ്റു പ്രതികൾ. ജയരാജനടക്കമുള്ളവരെ പ്രതികളാക്കി അന്വേഷണ സംഘം വിജിലന്‍സ് പ്രത്യേക കോടതിയില്‍ എഫ് ഐ ആര്‍ സമര്‍പ്പിച്ചു.
അഴിമതി നിരോധന നിയമത്തിലെ 13(1) (ഡി) ,13(2) എന്നീ വകുപ്പുകാൾക്കൊപ്പം ഗൂഢാലോചനക്കുറ്റവും ഇവര്‍ക്കെതിരെ ചുമത്തിയിട്ടുണ്ട്. ത്വരിതാന്വേഷണത്തിനൊടുവില്‍ വിജിലന്‍സ് കേസ് രജിസ്റ്റർ ചെയ്തിരിക്കുന്നത്. ശ്രീമതിയുടെ മകന്‍ സുധീര്‍ നമ്പ്യാരെ കേരള സ്റ്റേറ്റ് ഇന്‍ഡസ്ട്രിയല്‍ എന്‍റര്‍പ്രൈസസ് എം.ഡിയായി നിയമിച്ചത് വിവാദമാവുകയും തുടർന്ന് ജയരാജന് മന്ത്രിസ്ഥാനം രാജിവെയ്ക്കേണ്ടി വരികയും ചെയ്തത് അദ്ദേഹത്തിന് തന്നെ തിരിച്ചടിയായിരുന്നു.
സുധീറിന്റെ നിയമനത്തിനായി തയാറാക്കിയ പട്ടിക മറികടന്നും വിജിലന്‍സിന്റെ അഭിപ്രായം തേടാതെയുമാണ് ഇത് സംബന്ധിച്ച ഉത്തരവ് ജയരാജൻ നടത്തിയതെന്ന് വ്യക്തമായി. നിയമന സമിതിയായ റിയാബ് ശിപാര്‍ശ ചെയ്ത പട്ടിക അവഗണിക്കുന്നതിന് ജയരാജന് മതിയായ കാരണം രേഖപ്പെടുത്തിയില്ലെന്നും എഫ് ഐ ആറില്‍ പറയുന്നു. മന്ത്രിയെന്ന ഒൗദ്യോഗിക പദവി ദുരുപയോഗം ചെയ്ത് സുധീര്‍ നമ്പ്യാരും പോള്‍ ആന്‍റണിയുമായി ഗൂഢാലോചന നടത്തിയെന്നാണ് റിപ്പോര്‍ട്ട്. എഫ്.ഐ.ആര്‍ ശനിയാഴ്ച വിജിലന്‍സ് പ്രത്യേക കോടതി പരിഗണിക്കും.