വിദ്യാര്ഥി രാഷ്ട്രിയ പ്രവര്ത്തനത്തിലൂടെ കോടിയേരി ബാലകൃഷ്ണന് രാഷ്ട്രീയത്തിലെത്തുന്നത്. എസ് എഫ്ഐയുടെ അഖിലേന്ത്യാ പ്രസിഡന്റായി പ്രവര്ത്തിച്ചിട്ടുണ്ട്. അടിയന്തരാവസ്ഥക്കാലത്ത് ഒന്നര വര്ഷത്തോളം ജയില്വാസം അനുഭവിച്ചിട്ടുണ്ട്. 1982, 1987, 2001, 2006 എന്നീ വര്ഷങ്ങളില് കേരള നിയമസഭയിലേക്ക് തിരഞ്ഞെടുക്കപ്പെട്ടിട്ടുണ്ട്.
കോയമ്പത്തൂരിര് വെച്ച് 2008 ഏപ്രില് 3-ന് നടന്ന പാര്ട്ടി കോണ്ഗ്രസിലാണ് കോടിയേരി പോളിറ്റ് ബ്യൂറോയിലേക്ക് തിരഞ്ഞെടുക്കപ്പെടുന്നത്. കോടിയേരി ബാലകൃഷ്ണന് സംസ്ഥാന സെക്രട്ടറിയേറ്റ് അംഗവും സിപിഎമ്മിന്റെ പോളിറ്റ് ബ്യൂറോ അംഗവും പാര്ലമെന്ററി പാര്ട്ടി ഉപാദ്ധ്യക്ഷനുമാണ്. 2006 മുതല് 2011 വരെയുള്ള കാലഘട്ടത്തില് കേരളത്തിലെ ആഭ്യന്തര, ടൂറിസം മന്ത്രിയായിരുന്നു. കേരള നിയമസഭയിലെ പ്രതിപക്ഷ ഉപനേതാവും സി പി എമ്മിന്റെ തലശ്ശേരില് നിന്നുള്ള നിയമസഭാംഗമാണ് കോടിയേരി ബാലകൃഷ്ണന്.