2012 സെപ്തംബര് 27നായിരുന്നു വാളകം എം എല് എ ജംഗ്ഷന് സമീപം റോഡരികില് രക്തം വാര്ന്ന നിലയില് കൃഷ്ണകുമാറിനെ കണ്ടെത്തിയത്. പൊലീസാണ് ഇദ്ദേഹത്തെ ആശുപത്രിയിലെത്തിച്ചത്. രണ്ട് ദിവസത്തിന് ശേഷമാണ് പൊലീസിന് അധ്യാപകന്റെ മൊഴിയെടുക്കാന് കഴിഞ്ഞത്. ആദ്യം കടയ്ക്കലില് പോയിട്ടില്ലെന്ന് മൊഴിനല്കിയ അധ്യാപകന് പിന്നീട് മൊഴിമാറ്റുകയായിരുന്നു. പിന്നീട് താന് കടയ്ക്കലില് പോയിരുന്നെന്നും നിലമേലില് നിന്ന് വാളകം വരെ കുമളി ബസിനാണ് വന്നതെന്നുമാണ് അധ്യാപകന് മൊഴി നല്കിയത്.
അധ്യാപകന് ആക്രമിക്കപ്പെട്ടതല്ലെന്നും വാഹനം ഇടിച്ചതാവാം പരുക്കേല്ക്കാന് കാരണമെന്നും മെഡിക്കല് കോളജ് അധികൃതര് വ്യക്തമാക്കിയിരുന്നു. അധ്യാപകന് പരുക്കേറ്റ നിലയില് റോഡരികില് കിടക്കുന്നത് ആദ്യമായി കണ്ടയാള് പൊലീസിന് മൊഴിനല്കുകയും ചെയ്തതോടെ വാഹനാപകടത്തിലാണ് അധ്യാപകന് പരുക്കേറ്റത് എന്ന നിഗമനത്തില് പൊലീസ് എത്തിയിരുന്നു. എന്നാല് അധ്യാപകന് ആക്രമിക്കപ്പെട്ടതാണെന്നും സംഭവത്തിന് പിന്നില് ആര് ബാലകൃഷ്ണപിള്ളയാണെന്നും ആരോപണം ഉയര്ന്നതോടെ കേസ് വിവാദമാകുകയായിരുന്നു. തുടര്ന്നാണ് കേസ് സിബിഐ ഏറ്റെടുത്തത്