എൻസിപി ദേശീയ നേതൃത്വവുമായി നടന്ന കൂടിക്കാഴ്ചയ്ക്കു പിന്നാലെയാണ് മന്ത്രിയുടെ രാജിപ്രഖ്യാപനം. രാജിക്കത്ത് മുഖ്യമന്ത്രിക്ക് കൈമാറി. തോമസ് ചാണ്ടി രാജി വയ്ക്കണമെന്നു സിപിഐ ആദ്യം മുതൽതന്നെ കടുത്ത നിലപാടെടുത്തിരുന്നു. ഇതിൽ പ്രതിഷേധിച്ച് ഇന്ന് ചേർന്ന മന്ത്രിസഭാ യോഗത്തിൽ നിന്നും സി പി ഐയിലെ നാല് മന്ത്രിമാർ വിട്ടുനിൽക്കുകയും ചെയ്തിരുന്നു.
ആലപ്പുഴ കലക്ടർ ടി വി അനുപമയുടെ റിപ്പോർട്ടാണു തോമസ് ചാണ്ടിക്കെതിരെ കടുത്ത വിമർശനങ്ങളും പ്രതിഷേധങ്ങളും ഉയരാൻ കാരണം. ഗുരുതര ആരോപണങ്ങളുള്ള കലക്ടറുടെ റിപ്പോർട്ട് റദ്ദാക്കണം എന്നാവശ്യപ്പെട്ടാണു തോമസ് ചാണ്ടി ഹൈക്കോടതിയിൽ ഹർജി നൽകിയത്. എന്നാൽ, കടുത്ത വിമർശനമാണ് ഹൈക്കോടതിയിൽ നിന്നും മന്ത്രിക്ക് നേരിടേണ്ടി വന്നത്.