എന്നാല്‍ തീര്‍ത്തും അപ്രതീക്ഷിതമായി ബാര്‍ ലൈസന്‍സ് പ്രശ്നം ഉടലെടുക്കുകയായിരുന്നു. പ്രശ്നത്തില്‍ ഭരണകൂടവും പാര്‍ട്ടിയും രണ്ടുതട്ടിലായതൊടെ ഇവര്‍തമ്മില്‍ ശീത സമരവും തുടങ്ങി. കൊച്ചി മെട്രോ, വിഴിഞ്ഞം തുറമുഖം, സബര്‍ബന്‍ റെയില്‍വേ, മോണോ റെയില്‍, ദേശീയ ജലപാത, വിദ്യാര്‍ത്ഥി സംരംഭക പദ്ധതികള്‍ എന്നിവയാണ് നവരത്‌നയില്‍ ഉള്‍പെടുത്തിയിട്ടുള്ളത്. എല്ലാവര്‍ക്കും കുടിവെള്ളം, വീട്, വൈദ്യുതി തുടങ്ങിയ ബൃഹത് പദ്ധതികളാണ് മിഷനില്‍ ഉള്‍ക്കൊള്ളിച്ചിരുന്നത്.
