ജേക്കബ് തോമസിനെതിരായ ഉന്നതതല അന്വേഷണം പൂര്ത്തിയാകുന്നതുവരെ വിജിലന്സ് ഡയറക്ടര് സ്ഥാനത്തുനിന്ന് അദ്ദേഹത്തെ മാറ്റിനിര്ത്തുന്നതാണ് ഉചിതമെന്നാണ് ചീഫ് സെക്രട്ടറിയുടെ ശുപാര്ശ. തുറമുഖ വകുപ്പ് ഡയറക്ടറായിരിക്കെ ജേക്കബ് തോമസ് ചട്ടങ്ങള് മറികടന്ന് സ്വകാര്യകമ്പനിക്ക് ടെന്ഡര് നല്കുകയായിരുന്നു എന്നാണ് കെ എ ഏബ്രഹാമിന്റെ റിപ്പോര്ട്ടില് പറയുന്നത്.