വളരെ ചെറിയ പ്രായത്തില്‍ തന്നെ വിവാഹം കഴിച്ച താരമാണ് സെയ്ഫ്. ബോളിവുഡ് നടി അമൃത സിങ്ങുമായി സെയ്ഫ് പ്രണയത്തിലായിരുന്നു. സെയ്ഫിനേക്കാള്‍ 12 വയസ് കൂടുതലാണ് അമൃത സിങ്ങിന്. അമൃതയുമായുള്ള ബന്ധത്തെ സെയ്ഫിന്റെ കുടുംബം ആദ്യം എതിര്‍ത്തു. ഇരുവരും തമ്മിലുള്ള പ്രായവ്യത്യാസം തന്നെയാണ് അതിനു കാരണം. ഒടുവില്‍ വളരെ രഹസ്യമായി ഇരുവരും വിവാഹിതരായി. സാറ അലി ഖാന്‍, ഇബ്രാഹിം അലി ഖാന്‍ എന്നിവരാണ് സെയ്ഫിന്റെയും അമൃതയുടെയും മക്കള്‍.
അമൃത സിങ്ങുമായുള്ള ബന്ധം നിയമപരമായി വേര്‍പ്പെടുത്തിയ സെയ്ഫ് പിന്നീട് വര്‍ഷങ്ങള്‍ക്ക് ശേഷം താരസുന്ദരി കരീന കപൂറിനെ വിവാഹം കഴിച്ചു. ഷാഹിദ് കപൂറുമായുള്ള പ്രണയബന്ധം തകര്‍ന്നിരിക്കുന്ന സമയത്താണ് കരീനയുടെ ജീവിതത്തിലേക്ക് സെയ്ഫ് എത്തുന്നത്. കരീനയും സെയ്ഫും വളരെ പെട്ടന്ന് അടുത്തു. നല്ല സുഹൃത്തുക്കളായി. 2007 മുതല്‍ ഇരുവരും ഡേറ്റിങ് ആരംഭിച്ചു. 2012 വരെ ഇരുവരും ലിവിങ് ടുഗെദര്‍ റിലേഷന്‍ഷിപ്പിലായിരുന്നു. 2012 ഒക്ടോബര്‍ 16 നായിരുന്നു വിവാഹം. സെയ്ഫ് അലി ഖാനേക്കാള്‍ 10 വയസ് കുറവാണ് കരീന കപൂറിന്. സിനിമയില്‍ തിളങ്ങി നില്‍ക്കുന്ന സമയത്താണ് സെയ്ഫിനെ വിവാഹം കഴിക്കാന്‍ കരീന തീരുമാനിക്കുന്നത്. ഇരുവര്‍ക്കും ഇപ്പോള്‍ രണ്ട് മക്കളുണ്ട്.
