ഗുജറാത്ത് കലാപം വാജ് പേയി സര്ക്കാരിനേറ്റ ഏറ്റവും വലിയ പ്രഹരമാണെന്നും അദ്ദേഹം പറഞ്ഞു. വാജ്പേയുടെ ഭരണകാലത്ത് തന്നെ അയോധ്യയില് രാമക്ഷേത്രം പണിയണമെന്ന ആവശ്യം ഉയര്ന്നു. ഈ ആവശ്യം ശരിക്കും സമുദായിക ചേരിതിരിവുകളിലേക്ക് നയിക്കുകയായിരുന്നു. പിന്നീട് ഇത് ഗുജറാത്ത് കലാപത്തിന് കാരണമായി മാറി. ഗുജറാത്ത് കലാപം ബിജെപി സര്ക്കാരിന്റെ തകര്ച്ചയ്ക്ക് കാരണമായെന്നും പ്രണബ് മുഖർജി വ്യക്തമാക്കി.