2001-04 കാലത്താണ് പതാകയിലേക്ക് കേന്ദ്രസർക്കാർ നാവികസേനയുടെ ചിഹ്നം കൂടി കൂട്ടിചേർത്തത്. നീല നിറത്തിലായിരുന്നു ചിഹ്നം. എന്നാൽ നിറം സംബണ്ഡിച്ച് പരാതികൾ ഉയർന്നപ്പോൾ ചിഹ്നം വീണ്ടും മാറ്റിയിരുന്നു.പുതിയ പതാകയുടെ മുകളിലായി ദേശീയ പതാകയുണ്ട്. കൂടാതെ നീല അഷ്ടഭുജാകൃതിയിലുള്ള ഒരു കവചത്തിനുള്ളിലായി അശോക സ്തംഭവും ഒരു നങ്കൂരചിഹ്നവും ഉള്‍ക്കൊള്ളിച്ചിട്ടുള്ള മുദ്രയും കാണാം.
നീല അഷ്ടഭുജാകൃതിയിലുള്ള കവചം ഇന്ത്യൻ നാവികസേനയുടെ വ്യാപ്തിയേയും ബഹുമുഖപ്രവർത്തനശേഷിയേയും 8 ദിശകളെയും പ്രതിനിധീകരിക്കുന്നു.നങ്കൂരചിഹ്നം ദൃഢനിശ്ചയത്തെ പ്രതിനിധീകരിക്കുന്നുവെന്നും നാവികസേന വ്യക്തമാക്കുന്നു. രാജ്യത്തിന് സ്വാതന്ത്ര്യം ലഭിച്ചതിനുശേഷം ഇത് നാലാംതവണയാണ് നാവികസേനയുടെ പതാകയ്ക്ക് മാറ്റം വരുത്തുന്നത്.
