ആശുപത്രിയില്നിന്നുള്ള യാത്രാമധ്യേ 2011 സെപ്റ്റംബര് 12ന് കൊടുങ്ങല്ലൂരിലാണ് ബാലകൃഷ്ണന് ദുരൂഹ സാഹചര്യത്തില് മരിച്ചത്. മരണവുമായി ബന്ധപ്പെട്ട് സഹോദരന് തളിപ്പറമ്പ് ഡിവൈ.എസ്.പി: കെ വി വേണുഗോപാലിന് നല്കിയ പരാതിയുടെ അടിസ്ഥാനത്തില് നടത്തിയ അന്വേഷണത്തിലാണ് അഭിഭാഷകയും ഭര്ത്താവും സഹോദരിയും കുടുങ്ങിയത്.