സുബ്രഹ്മണ്യന്‍റെ ആറു മുഖങ്ങള്‍ പ്രതിനിധാനം ചെയ്യുന്ന ആറു പ്രധാന ക്ഷേത്രങ്ങള്‍ തമിഴ്‌നാട്ടിലുണ്ട്‌. പഴനി, തിരുപ്പുറം കുണ്‍‌ട്രം, തൃച്ചന്തൂര്‍, സ്വാമിമല, തിരുത്തനി, അഴകര്‍ മല എന്നിവയാണവ. അഗസ്ത്യമുനിയുടെ ശിഷ്യനായ ഭോഗര്‍ ആണ്‌ പഴനിയില്‍ പ്രതിഷ്ഠ നടത്തിയത്‌.
ഹരിപ്പാട്‌, പയ്യന്നൂര്‍, പെരുന്ന, പെരളശ്ശേരി, ഉദയനാപുരം, കിടങ്ങൂര്‍, ഇടപ്പഴനി, പെരിശ്ശേരി, ചെറിയനാട്‌, ഉള്ളൂര്‍, എടക്കാട്‌, കല്ലാര്‍, ഉമയനല്ലൂര്‍, കുന്നുംപാര്‍ തുടങ്ങിയവയാണ്‌ കേരളത്തിലെ പ്രധാനപ്പെട്ട സുബ്രഹ്മണ്യ ക്ഷേത്രങ്ങള്‍.
പെരുന്ന സുബ്രഹ്മണ്യസ്വാമി ക്ഷേത്രത്തില്‍ ഉരിയരി പായസവും പരശുരാമന്‍ പ്രതിഷ്ഠ നടത്തിയ പയ്യന്നൂര്‍ സുബ്രഹ്മണ്യ സ്വാമി ക്ഷേത്രത്തില്‍ തണ്ണീരമൃതുമാണ്‌ പ്രധാന വഴിപാട്‌. പാലക്കാട്‌ ജില്ലയിലെ കൊടുമ്പില്‍ വള്ളീസമേതനായ സുബ്രഹ്മണ്യപ്രതിഷ്ഠയുള്ള ക്ഷേത്രമുണ്ട്‌. ചൊവ്വാ ദോഷ പരിഹാരത്തിനും മാംഗല്യ സിദ്ധിക്കും ഇവിടെ വഴിപാട്‌ നടത്തുന്നു. ശ്രീലങ്ക, ഇന്തോനേഷ്യ, സിംഗപ്പൂര്‍, മൗറീഷ്യസ്‌ തുടങ്ങിയ പല സ്ഥലങ്ങളിലും സുബ്രഹ്മണ്യ ക്ഷേത്രങ്ങള്‍ കാണാം.
തമിഴ്‌നാട്ടില്‍ ഏതാണ്ട്‌ എല്ലാ ഗ്രാമത്തിലും മുരുക ക്ഷേത്രങ്ങള്‍ ഉണ്ടെന്ന്‌ പറയാം. തമിഴ്‌നാട്ടിലെ കന്യാകുമാരി ജില്ലയിലെ കുമാരകോവില്‍ സുബ്രഹ്മണ്യസ്വാമി, പഴമുതിര്‍ ചോലൈ സുബ്രഹ്മണ്യ ക്ഷേത്രം എന്നിവ പ്രസിദ്ധമാണ്‌. സുബ്രഹ്മണ്യന്‍റെ പത്നി വള്ളി ശ്രീലങ്കയിലെ കതിര്‍ ഗ്രാമക്കാരിയാണെന്നാണ്‌ വിശ്വാസം.
