ക്രത്യം നടത്തിയശേഷം അപ്പുണ്ണിയും ഗൾഫിലേക്ക് കടന്നു കാണുമെന്നാണ് പൊലീസ് കരുതിയത്. എന്നാൽ, മുഖ്യപ്രതിയായ അലിഭായിയെ അറസ്റ്റ് ചെയ്തതോടെയാണ് അപ്പുണ്ണി ചെന്നൈയിൽ ഉണ്ടെന്ന് പൊലീസിന് സൂചന ലഭിക്കുന്നത്. ചെന്നൈയിലും ആലപ്പുഴയിൽ ഉള്ള കാമുകിയുടെ വീട്ടിലുമാണ് അപ്പുണ്ണി ഒളിവിൽ താമസിച്ചിരുന്നത്.
കൊലപാതകത്തിൽ നേരിട്ട് പങ്കുള്ളയാണ് അപ്പുണ്ണി. കായംകുളത്ത് നിന്നുമാണ് പൊലീസ് ഇയാളെ പൊക്കിയത്. രാജേഷിനെ കൊലപ്പെടുത്താൻ അപ്പുണ്ണി ഉപയോഗിച്ച വാളും പൊലീസ് കണ്ടെത്തി. കേസിലെ മറ്റൊരു പ്രതിയായ സനുവിന്റെ വീട്ടിൽ ഒളിപ്പിച്ച നിലയിലായിരുന്നു വാൾ. അപ്പുണ്ണിയെ കുറിച്ച് പൊലീസിന് ഒരു വിവരവും ലഭിക്കാതെയായി. ഒളിവിൽ കഴിഞ അപ്പുണ്ണിക്ക് വില്ലനായത് ചിക്കൻ പോക്സ് ആണ്. ചിക്കൻപോക്സ് പിടിപ്പെട്ട് ആശുപത്രിയിൽ ചികിത്സയ്ക്കായി എത്തിയപ്പോഴാണ് പൊലീസിന് ഇയാളെ പിടികൂടാൻ ആയത്.