അന്വേഷണമേറ്റെടുത്ത സി ബി ഐ ഡല്ഹി യൂണിറ്റിലെ ഡിവൈഎസ്പി റിച്ച്പാലിന്റെ നേതൃത്വത്തിലുള്ള സംഘം കൊച്ചിയില് എത്തി. ജോമോന് പുത്തന്പുരയ്ക്കല്, ചീഫ് വിപ്പ് പി സി ജോര്ജ് എന്നിവരില്നിന്നും സംഘം മൊഴിയെടുത്തു. ആറുമാസത്തിനകം അന്വേഷണം പൂര്ത്തിയാക്കാമെന്നാണ് സിബിഐ കരുതുന്നത്.
ക്രൈംബ്രാഞ്ച് എസ് പി അലക്സ് കെ ജോണിനായിരുന്നു ആദ്യഘട്ടത്തില് അന്വേഷണ ചുമതല. തുടര്ന്ന് 2012 ല് സി ബി ഐ അന്വേഷണത്തിന് വിജ്ഞാപനമിറങ്ങി. സുപ്രീംകോടതിയില്നിന്ന് നന്ദകുമാര് ഇടക്കാല ഉത്തരവ് സമ്പാദിച്ചതിനെ തുടര്ന്ന് സിബിഐ അന്വേഷണം സ്റ്റേ ചെയ്തു. പിന്നീട് സുപ്രീംകോടതി വിധി നന്ദകുമാറിന് എതിരായതിനെ തുടര്ന്നാണ് സിബിഐ അന്വേഷണം ആരംഭിച്ചത്.