മാപ്പര്‍ഹിക്കാത്ത കുറ്റമാണ് പ്രതിയുടെതെന്നായിരുന്നു പ്രോസിക്യൂഷന് വാദിച്ചത്. പ്രതിക്കെതിരെ നിരവധി ശാസ്ത്രീയത്തെളിവുകൾ അണിനിരത്താനും പ്രോസിക്യൂഷന് സാധിച്ചു. ശിക്ഷാ വിധിയുടെ വാദത്തിനിടെ പുനരന്വേഷണം ആവശ്യപ്പെട്ട് പ്രതി നല്‍കിയ ഹര്‍ജി കോടതി തള്ളിയിരുന്നു. അതേസമയം, ഒരു തെറ്റും ചെയ്തിട്ടില്ലെന്ന് അമീറുൾ കോടതിയെ അറിക്കുകയും ചെയ്തിരുന്നു.
പൊലീസ് നിഗമനങ്ങളെ കോടതി ശരിവെച്ചു. ഐപിസി 449, 376, 342, 301 എന്നീ വകുപ്പുകളാണ് കോടതി പ്രതിക്കെതിരെ ചുമത്തിയിരിക്കുന്നത്. മരണകാരണമായ ബലാത്സംഗം, കൊലപാതകം, അന്യായമായി തടഞ്ഞ് വെക്കൽ, അതിക്രമിച്ച് കയറൽ എന്നീ കുറ്റങ്ങള്‍ പ്രതി ചെയ്തതായി കോടതി കണ്ടെത്തി. മരണം വരെ തൂക്കിലേറ്റാൻ വരെ ശിക്ഷ നൽകാൻ കഴിയുന്ന വകുപ്പുകളാണ് അമീറിനെതിരേ ഉള്ളത്.
അതേസമയം, അമീറുള്‍ ഇസ്ലാം പൊലീസിന്റെ ഡമ്മി പ്രതിയാണെന്നാണ് പ്രതിഭാഗം വാദിച്ചത്. ശാസ്ത്രീയതെളിവുകള്‍ പൊലീസ് തന്നെ സൃഷ്ടിച്ചതാണെന്നും ജിഷ കൊല്ലപ്പെട്ട വീട്ടിലെ അജ്ഞാത വിരലടയാളങ്ങള്‍ക്ക് പ്രോസിക്യൂഷന് ഉത്തരമില്ലെന്നുമായിരുന്നു പ്രതിഭാഗം വാദം. നിലവിലെ തെളിവുകൾ പ്രതിക്കെതിരെ കുറ്റം തെളിയിക്കാൻ പര്യാപ്തമല്ലെന്നും പ്രതിഭാഗം വാദിച്ചു
