ചിലര്ക്ക് മാത്രം തെരഞ്ഞെടുപ്പില് മത്സരിക്കാന് ഇളവ് അനുവദിക്കുകയും ചിലര്ക്ക് അത് അനുവദിക്കാതിരിക്കുകയും ചെയ്യുന്ന നടപടിയാണ് പാര്ട്ടിയുടെ ഭാഗത്തുനിന്നുണ്ടായതെന്നാണ് വിമര്ശനം. പാര്ലമെന്റ് തെരഞ്ഞെടിപ്പില് മത്സരിച്ച എം ബി രാജേഷ്, പി രാജീവ്, വി എന് വാസവന് തുടങ്ങിയവര്ക്ക് നിയമസഭാ തെരഞ്ഞെടുപ്പിലും മത്സരിക്കാന് അനുമതി ലഭിച്ചപ്പോള് ജയരാജന് അത് കിട്ടിയില്ല. അതുമാത്രമല്ല, രണ്ടുതവണ തുടര്ച്ചയായി അദ്ദേഹം എം എല് എ ആയിട്ടുമില്ല.
കണ്ണൂര് ജില്ലാ സെക്രട്ടറി ആയിരിക്കെയാണ് പി ജയരാജന് പാര്ലമെന്റിലേക്ക് മത്സരിക്കുന്നത്. സെക്രട്ടറി സ്ഥാനത്തേക്ക് എം വി ജയരാജന് വന്നു. തെരഞ്ഞെടുപ്പില് തോറ്റെങ്കിലും പി ജയരാജന് സെക്രട്ടറി സ്ഥാനത്ത് തിരികെയെത്തിയില്ല. തെരഞ്ഞെടുപ്പില് തോറ്റ വി എന് വാസവന് കോട്ടയം ജില്ലാ സെക്രട്ടറി സ്ഥാനത്ത് തുടരുകയും ചെയ്യുന്നു.