സംസ്‌കരിച്ച എണ്ണകള്‍ കൂടുതലായി ഉപയോഗിക്കുന്നതുകൊണ്ട് നിരവധി ആരോഗ്യപ്രശ്‌നങ്ങള്‍ ഉണ്ടായേക്കും. ഉയര്‍ന്ന താപനിലയില്‍ സംസ്‌കരിക്കുന്ന എണ്ണകളില്‍ മറ്റു കെമിക്കലുകളും ഉണ്ടാകുന്നു. സംസ്‌കരിച്ച എണ്ണകളില്‍ പോഷകങ്ങള്‍ തീരെ കുറവാണ്. വിറ്റാമിനുകള്‍, ആന്റിഓക്‌സിഡന്റുകള്‍, ഫൈറ്റോന്യൂട്രിയന്റ് എന്നിവയൊക്കെ കുറവായിരിക്കും. ഇവയില്‍ ഒമേഗ 6 ഫാറ്റി ആസിഡുകള്‍ കൂടുതലായിരിക്കും. ഇത് നീര്‍വീക്കത്തിന് കാരണമാകും. സണ്‍ഫ്‌ലവര്‍ ഓയില്‍, കോണ്‍ ഓയില്‍, സോയാബീന്‍ ഓയില്‍ എന്നിവയാണ് കൂടുതല്‍ വീക്കം ഉണ്ടാക്കുന്നത്. ഇത് പലതരം രോഗങ്ങള്‍ക്ക് കാരണമാകും. ഒമേഗ 6 ഫാറ്റി ആസിഡുകള്‍ കൂടുമ്പോള്‍ ശരീരത്തിനാവശ്യമാ ഒമേഗ 3 ഫാറ്റി ആസിഡുകളുടെ അളവു കുറയുന്നു. ഇതും ആരോഗ്യപ്രശ്‌നങ്ങള്‍ ക്ഷണിച്ചു വരുത്തും.
ഉയര്‍ന്ന താപനിലയില്‍ സംസ്‌കരിക്കുന്ന എണ്ണയ്ക്ക് ഓക്‌സിഡേഷന്‍ സംഭവിക്കുകയും ശരീരത്തില്‍ ദോഷകരമായ ഫ്രീ റാഡിക്കലുകളെ ഉണ്ടാക്കുകയും ചെയ്യുന്നു. ഇത് കാന്‍സറിനും കോശങ്ങളുടെ നാശത്തിനും കാരണമാകാം. ഒമേഗ 6 ഫാറ്റി ആസിഡ് ഹൃദ്രോഗത്തിനും ഇന്‍സുലിന്‍ റസിസ്റ്റന്‍സിനും കാരണമാകും. അമിതവണ്ണം ഉണ്ടാകും. ചീത്ത കൊളസ്‌ട്രോള്‍ കൂടും.
