ജേക്കബ് തോമസിന്റെ ആത്മകഥയിൽ ചട്ടലംഘനമുണ്ടെന്ന് ചീഫ് സെക്രട്ടറി നളിനി നെറ്റോ. പുസ്തകത്തില്‍ 14 ഇടങ്ങളിലാണ് ചട്ടലംഘനമാകാവുന്ന തരത്തിലുള്ള പരാമര്‍ശമുള്ളത്. 2016 ഒക്ടോബറിൽ പുസ്തകമെഴുതുന്നതിന് ജേക്കബ് തോമസ് അനുമതി തേടിയിരുന്നെങ്കിലും അതിന്റെ ഉളളടക്കം അറിയിക്കാന്‍ അദ്ദേഹം തയ്യാറായില്ലെന്നും നളിനി നെറ്റോ പിണറായി വിജയനു നൽകിയ റിപ്പോർട്ടിൽ പറയുന്നു. ഈ സംഭവത്തിൽ കൂടുതല്‍ പരിശോധന നടത്തണമെന്നും ചീഫ് സെക്രട്ടറി ശുപാര്‍ശ ചെയ്തിട്ടുണ്ട്.
ജേക്കബ് തോമസിന്റെ ആത്മകഥ ’സ്രാവുകൾക്കൊപ്പം നീന്തുമ്പോൾ’ എന്ന പുസ്തകം പ്രകാശനം ചെയ്യാൻ മുഖ്യമന്ത്രിയെയാണ് ആദ്യം നിശ്ചയിച്ചിരുന്നത്. എന്നാൽ അതില്‍ പലതരത്തിലുള്ള നിയമപ്രശ്നങ്ങള്‍ ഉണ്ടെന്ന് ചൂണ്ടിക്കാട്ടി ചടങ്ങിൽ മുഖ്യമന്ത്രി പങ്കെടുക്കരുതെന്നാവശ്യപ്പെട്ട് കെ.സി. ജോസഫ് എം.എൽ.എ കത്ത് നൽകിയിരുന്നു. ഇതേതുടർന്ന് നിയമസെക്രട്ടറിയുടെ ഉപദേശം അനുസരിച്ചു മുഖ്യമന്ത്രി പുസ്തകത്തിന്റെ പ്രകാശന ചടങ്ങിൽനിന്നു വിട്ടുനില്‍കുകയും ചെയ്തിരുന്നു.
ബാർകേസിൽ കെ ബാബുവിനും കെ എം മാണിക്കുമെതിരായ അന്വേഷണരീതി തുടരേണ്ടതില്ല എന്ന തീരുമാനത്തിന് പിന്നിൽ ഉമ്മൻചാണ്ടിയാണെന്നുള്ള പരോക്ഷസൂചന പുസ്തകത്തിലുണ്ട്. ബിജു രമേശ് നല്‍കിയ രഹസ്യമൊഴിയിൽ നാലു പേജ് ബാബുവിനെതിരായിരുന്നുവെന്നും പറയുന്നു. അതേസമയം അന്വേഷണം നടത്തുന്നതിന് അന്നത്തെ ആഭ്യന്തര മന്ത്രിയായ രമേശ് ചെന്നിത്തലക്ക് വിയോജിപ്പില്ലായിരുന്നെന്നും പുസ്തകത്തില്‍ പറയുന്നുണ്ട്.